水利與航道工程雜誌
《水利水運工程學報》(原名《水利水運科學研究》)是由水利部主管的南京水利科學研究院主辦的學術刊物。主要報告:水利水電、水運、海洋工程、土木建築工程的規劃、可靠性研究、科研、設計、施工、監督管理等方面的新理論、新技術、新方法、新成果。
海洋工程
《海洋工程》創刊於1983，是由中國科學技術協會、中國海洋學會主辦，南京水利科學研究院、上海交通大學承辦的學術季刊(ISSN1005-9865)，在國內外發行。《海洋工程》以促進學科理論發展、加速科研成果向生產力轉化為宗旨，主要發表近岸工程、海岸工程、海洋能源利用工程、水下工程、潛水技術、救撈技術等領域具有理論水平和實踐經驗的學術論文、研究簡報、綜合評述、調查報告、成果介紹和學術動態報告。《海洋工程》已被《聯合國水科學與漁業文摘》(ASFA)收錄，並作為核心期刊被中國海洋文獻數據庫和正式出版的檢索刊物《海洋文摘》收錄。同時全文收錄中國期刊網和中國學術期刊(光盤版)，被認定為中國科學引文數據庫的來源期刊，被列入中國學術期刊綜合評價數據庫的來源期刊。2000年，他們贏得了第壹屆CAJ-CD規範執行卓越獎。
巖土工程雜誌
《巖土工程學報》是由中國科學技術協會主管，中國水利學會、中國土木工程學會、中國理論與應用力學學會、中國建築學會、中國水電工程學會、中國振動工程學會等六個全國性學會共同主辦的學術性科技期刊。《巖土工程學報》創刊於1979，註冊於江蘇省南京市，由南京水利科學研究院承辦，面向國內外公開發行。
水科學進展。
《水科學進展》是以水為主題的學術期刊，由南京水利科學研究院和中國水利學會主辦。主要反映暴雨、洪水、幹旱、水資源、水環境等領域科學技術的最新成就、重要進展、當代水平和發展趨勢，報道有關水圈研究的新事實、新概念、新理論、新方法，交流新的科研成果、技術經驗和科技動態。它是我們全面深入了解中國水科學進展的重要窗口。本刊是中國的中文核心期刊，被美國Ei和CA收錄。2003年、2004年、2005年連續被授予“中國百種優秀學術期刊”稱號。2004年獲江蘇省優秀期刊獎，入選江蘇省期刊方陣。
小水電
《小水電》雜誌是由水利部農村水電及電氣化發展局、中國水利學會水電專業委員會、中國水電工程學會小水電專業委員會、中國電機工程學會小水電專業委員會、水利部農村電氣化研究所(亞太小水電研究培訓中心)主辦的中國唯壹的小水電技術期刊。
《中國海洋工程》
《中國海洋工程》是由中國海洋工程學會主辦、南京水利科學研究院主編的英文綜合性學術季刊(ISSN 0890-5487)。中國海洋工程的宗旨是向國外介紹我國海洋工程相關研究、設計、試驗、生產、使用和管理的成果和學術動態，擴大對外宣傳和交流，展示我國的研究水平。主要發表海洋工程、海洋工程、海洋能源利用工程、海洋環保工程、水下工程、潛水技術、打撈技術等方面的文章。手稿的內容包括工程建築(海上平臺、防波堤、碼頭、堤壩、系泊系統等。)、物理與數學模型試驗技術、結構材料、結構應力分析、海洋工程土力學、海岸泥沙與波浪動力學等。
水利信息化
經水利部、新聞出版總署批準，自2010年4月起，水利水文自動化更名為水利信息化。指導單位為水利部信息化領導小組辦公室，承辦單位為水利部南京水利水文自動化研究所。更名後的《水利信息》雜誌以服務水利行業信息化建設為宗旨，緊緊圍繞水利信息化建設的主要任務，權威發布水利信息化建設的政策法規和標準，及時介紹水利信息化建設的經驗和成果，介紹國內外信息化建設現狀和信息技術發展趨勢，敏銳跟蹤信息化建設的熱點、難點和重點，推動信息技術在水利行業的應用，促進水利現代化水平的快速提升。加強水利信息化宣傳工作，傳達水利信息化政策，普及信息化知識，促進水利信息化理論研究和學術交流。