1.將軍山校區
將軍山校區位於南京市江寧區，占地約1920畝。校園的主要功能是人才培養和科學研究。校區有航空航天與力學學院、能源與動力工程學院、電子信息工程學院等15個學院。
2.明故宮校區
明故宮校區位於南京市玄武區，占地約139畝。校園融合了中國傳統文化元素，建築風格古樸典雅。主要用於學生課余時間的文化活動、體育鍛煉和社團活動。
3.何海校區
何海校區位於南京市江寧區，占地約1200畝。校園主要用於駕駛員、乘務員和領航員的培訓和實驗室使用。何海校區獨特的教學資源、科研平臺和實踐基地，使學生核心素質和綜合技能的培養更具優勢。