胸外科，省級重點學科，在肺癌治療和肺移植方面處於全國領先水平。重癥醫學科(英東廣州重癥醫學中心)是華南地區最現代化的中心ICU，重癥醫學水平國內領先。
省級重點學科泌尿外科以微創手術技術為特色，建立了全國首家微創手術中心。目前，該中心是國內規模最大、設備齊全、技術先進的微創手術中心，已成為我國腔內泌尿外科和腹腔鏡外科人才的重要培訓基地。2007年，位於該中心的國家內鏡診療技術培訓基地建成，該基地設有泌尿外科、呼吸科、普外科、胸心外科、婦科五個培訓基地。2008年，國內首批內鏡專業技術(呼吸科、泌尿外科)考試中心也順利建成，成為國內先進的內鏡專業技術培訓平臺。
腫瘤血液中心是醫院著力打造的又壹品牌學科。整合多種高水平先進診療手段，開展惡性腫瘤患者壹體化診療，提高惡性腫瘤患者的治療效果和生活質量。
醫院作為醫學院校的附屬醫院，貫徹了醫、教、研有機結合、相互促進的方針，在教學、科研和學科建設方面也取得了可喜的成績。有1個國家重點學科[內科(呼吸系統疾病)]，6個省級重點學科(內科、外科、兒科、臨床檢驗與診斷、婦產科、神經內科)，國家重點實驗室(呼吸系統疾病國家重點實驗室)，廣東省重點實驗室(骨科矯形技術及植入材料)，廣州市重點實驗室(泌尿外科廣州市重點實驗室)。自2001以來，醫院先後主持國家“973”項目1、“十五”項目1、“863”項目5項、國家自然科學基金項目17、省部級項目165438。全院獲得科技獎勵38項，其中國家科技進步二等獎1項，教育部科技進步壹等獎1項，二等獎2項，省科技進步壹等獎14項。
在2003年的抗非鬥爭中，以鐘南山院士為首的廣州醫科大學第壹醫院醫護人員，主動搶救了廣東省大部分最危重的非典病人，創造了9個“最好”，為抗非鬥爭做出了巨大貢獻，受到了世界衛生組織的高度贊揚。
在“以仁為本，以誠為本”的核心價值觀指引下，醫院積極探索人文醫學之路，並於2006年獲批成立全國首個“醫師人文醫學實踐技能培訓基地”。同時，醫院堅持以病人為中心，積極開展優質服務，不斷提高服務質量，取得了壹定的成效，先後榮獲文明醫院、最佳服務單位、最佳服務單位標兵、文明單位標兵、廣東省百家文明醫院。2006年，廣東省省情調查研究中心開展了“廣東省三甲醫院服務滿意度民意調查”，我院得到了廣大患者的高度認可，獲得了廣東省三甲醫院服務滿意度第二名的好成績。