協助局領導處理日常工作，協調局機關政務工作；負責局機關會議組織、文電處理、文秘事務、政務信息、新聞宣傳、檔案管理、保密、信訪、NPC和CPPCC提案辦理、財務和機關後勤工作；組織起草局機關日常重要綜合報告、文件和講話材料；負責督辦黨委和局領導同意和批準的事項；制定本局相關規章制度並組織實施。
(2)政策法規司
組織農業產業和海洋管理政策研究，引導農業產業結構的合理調整、農業資源和海洋資源的合理配置以及產品質量的提高；負責農業產業政策法規起草的組織、協調、監督和檢查；負責審查其他部門有關農業、農民、農村經濟和海洋管理的政策法規規定；指導農業執法體系建設和農業海洋法制宣傳教育；負責農業行政復議；組織協調農業系統的政策和綜合研究，承擔重要政策文件的起草工作；研究提出農產品、農業生產資料流通、價格、進出口等政策意見。
(3)發展規劃辦公室
組織制定農業和農村經濟發展規劃，負責農業基本建設投資項目和農業技術項目的規劃管理；協調農業產業結構調整和綜合平衡；制定和實施農業產業化規劃，指導農業產業化經營；協調和支持具有示範效應的產業化項目工作；研究提出農業現代化的政策建議，指導和協調農業現代化工作；承擔重要農業建設項目的審計；協調和指導農業區劃工作；負責農業行業的統計匯總。
(4)財務部
負責編制市財政撥給農業和海洋管理的經費和本系統經費的預決算；指導和監督各種資金的使用；指導農業行業和直屬單位的財務管理工作；指導和監督直屬單位國有資產的管理、保值和增值；研究提出農業和農村經濟發展的財稅、信貸、保險等政策建議。
(5)農村經濟體制和管理辦公室(掛廣州市農村集體資產管理辦公室牌子)
研究提出深化農村經濟體制改革的意見；完善以家庭承包制為基礎的雙層經營體制，引導農業經營者提高經營水平；指導農業社會化服務體系建設；指導農民專業合作經濟組織建設；指導農村集體經濟組織的建設、資產和財務管理及審計工作；指導農村土地承包、農地使用權流轉和合同管理；組織農村經濟收支、農民收入和農民負擔的統計和監測，管理和監督減輕農民負擔工作；負責市級農場相關行政事務的協調。
(6)市場和經濟信息辦公室
研究擬定農產品市場體系建設和農產品加工規劃並組織實施；負責農業生產資料、農產品價格等農業信息的收集；預測和發布農產品和農業生產資料供求等農村經濟信息；協調擬訂農業信息化建設規劃；組織和指導農業信息系統建設；協調農業產業開拓國內市場，構建國內產品營銷網絡；協調和組織參加國內大型農產品交易和展覽活動；組織協調農業投入品質量檢驗和涉農工業產品技術質量標準的制定；指導綠色食品認證管理和農產品質量認證工作。
(7)對外經濟辦公室
組織與種植業、畜牧業、養殖業、鄉鎮企業和農業機械化以及與香港、澳門特別行政區和臺灣省的經濟技術交流與合作；擬訂農業利用外資和農業招商項目的規劃及相關政策，組織和參加有關農業對外貿易洽談會，指導農業外資企業發展；引導農業產業開拓國際市場，構建海外產品營銷網絡；指導我市農業產業的技術輸出和對外投資；研究國外農業和貿易的發展趨勢，提出對策和建議；協調和指導局機關和直屬單位的相關對外工作。
(8)科技教育司
研究擬定農業和海洋科技、教育、技術推廣和隊伍建設的發展規劃和相關政策；協調農業科研、技術推廣和教育培訓系統的工作；承擔科教興農戰略的實施；組織選擇和實施重點科學研究和技術推廣項目；負責組織引進優良動植物品種和先進技術；指導農業科技體制改革；管理科技成果；指導農民教育，組織農民技術職稱評審；負責農業科技宣傳和組織指導國內農業科技展覽活動；指導農業生態環境保護；負責農業用地、農業濕地和農業生物物種、野生植物的保護、管理和生態農業建設；指導農村可再生能源的綜合開發利用；承擔國內異地引進的審查工作；建設項目環境影響報告書的耕地環境保護方案預審；承擔工業廢棄物及其制成品農用審批。
(9)農業綜合開發辦公室
制定全面的農業發展計劃；制定農業綜合開發項目實施細則和資金管理辦法；協調農業綜合開發項目的實施；協調和指導灘塗圍墾；負責復墾資金的管理；引導和支持落後的農村地區發展經濟。
(10)種植管理處
研究提出種植業發展規劃和重要技術措施；起草有關種植管理的法律法規；指導種植結構和布局的調整；協調種植業重要生產項目的建設；組織和指導農作物先進技術的試驗、示範和推廣；提出耕地保護、補償和改良的政策措施；收集掌握農情災情，指導救災種子、化肥等生產資料的儲存和調撥；組織化肥、農藥、種子等產品的質量監督、檢驗和登記；組織農業植物內部檢驗；負責農田基本建設的規劃和實施；承擔種植業統計工作；負責農藥經營許可證、崗位證書、植保人員崗位證書和種子經營許可證的審批；負責簽發植物檢疫證書、種子質量證書和種子生產許可證。
(十壹)蔬菜辦公室(掛廣州市“菜籃子工程”規劃實施領導小組辦公室牌子)
制定全市蔬菜生產供應計劃和市場建設計劃；檢查和落實有關蔬菜生產政策；推廣蔬菜生產新技術；負責菜地建設費的征收、使用和財務管理；協調並實施蔬菜批發市場建設；組織和指導實施無公害蔬菜生產和監測；組織協調蔬菜基地建設規劃和基地示範點建設；審核菜地建設費減半；負責研究和編制菜籃子發展規劃和年度計劃；承擔市“菜籃子工程”規劃實施領導小組辦公室的日常工作。
(12)海洋綜合管理辦公室
組織制定海洋開發規劃，研究提出海洋開發技術進步措施和重要政策建議，並組織實施；起草海洋管理法律法規；負責海洋開發的綜合管理和協調，組織和監督海域使用證和海域有償使用制度的實施，參與海洋、海島和海岸工程項目的審核；引導海域使用權流轉；負責海洋環境保護和管理；負責漁港內船舶裝卸易燃、易爆、有毒危險品和漁港內有礙海上交通安全的捕撈、養殖活動的審批；負責漁港內各種設施的新建、擴建、改建，或者其他水上、水下施工作業，向海域傾倒廢棄物，新建、改建、擴建海岸、海洋工程建設項目，海上救生、救生艇筏操縱、船舶消防、海上急救等四項技能的專業培訓，在我市海域鋪設海底電纜、管道的審批和發證；666負責審核海域使用？6公頃以下100公頃以上海域使用證和50公頃以上海域使用證，向漁業水域排放汙染物。
(十三)畜牧獸醫管理辦公室
研究提出畜牧業發展規劃和政策措施；引導畜牧業結構調整；提出行業發展的重大技術進步措施；起草行業法律法規；負責獸藥、獸藥和畜禽管理工作；組織實施動物防疫和檢疫工作；組織控制和撲滅動物疫病；組織制定獸醫、獸藥和畜禽品種標準，負責相關國家、行業和地方標準的監督實施；組織實施畜禽資源保護；負責畜牧業統計；負責新建畜禽父母代場、二級種畜場生產經營許可證和動物診療服務許可證的審批；負責發放獸藥經營許可證、動物防疫合格證和養殖使用證；審查獸藥生產許可證。
(14)漁業和漁業部
研究提出海水和淡水漁業發展規劃、技術進步措施和重要政策建議，並組織實施；負責漁業行業管理，指導漁業生產結構和布局調整以及伏季休漁制度；負責協調指導漁政、漁港和漁船的檢查監督，調解重要漁業糾紛；負責監督實施捕撈和種苗生產許可制度；擬訂漁業資源保護和合理開發、漁業水域生態環境和水生野生動物保護的政策、措施和規劃，並組織實施；組織實施水生動物防疫和漁藥使用的監督管理，參與起草相關法律法規；參與水產品加工業發展和水產品市場體系建設規劃；負責漁業統計；負責重點保護水生野生動物運輸許可和漁船建造、購置、更新審批；負責發放水產種苗生產許可證、特種獵捕許可證、二級水生野生保護動物馴養許可證和經營許可證、內陸水域和近海捕撈許可證、漁業船舶無線電臺執照、漁業船舶特種購運許可證、漁業船舶值班船員任免簽證、發放漁業船舶船員服務簿、漁業船舶值班船員培訓、考試、發證和考核、船舶出入境簽證、漁業船舶登記、漁業資源人工增殖放流。負責審核壹級水生野生保護動物特許獵捕證、馴養許可證、經營許可證，設立水產品批發市場，水生動物種苗及親體進出口許可證，44KW小型漁船(60PS以下)檢驗，漁港認定，壹、二級總體規劃編制，遠洋漁業企業資質認定等。
(十五)鄉鎮企業辦公室
擬定鄉鎮企業發展規劃和技術改造的政策措施；引導鄉鎮企業深化改革和科技進步，提高產品質量和管理水平；引導鄉鎮企業調整優化產業、產品結構和企業布局，發展區域經濟技術合作和外向型經濟；指導鄉鎮企業的財務會計、內部審計、教育培訓工作；協調鄉鎮企業與相關行業管理部門的關系；負責鄉鎮企業的登記、統計和信息工作，分析經濟運行情況。
(十六)農業機械化管理辦公室
研究提出農業機械化發展規劃、政策和法規；擬訂農業機械化產業政策法規和農業機械作業技術規範和標準；研究提出設施農業的重要政策；指導農業機械化重點技術項目的引進和開發；協調農業機械化安全監管工作；指導農業機械化推廣體系和服務體系建設；指導農業機械的使用管理和駕駛操作人員的教育培訓；組織協調重要的農業機械化生產活動；指導農業機械維修管理工作；負責農業機械化統計工作。
(十七)組織人事處(機關黨委辦公室及其聯合辦公室)
負責局黨委管理系統企事業單位(不含原歸口行政單位和這些行政單位所屬企事業單位)黨建和幹部管理的具體工作；研究制定局機關及下屬單位人事管理的政策法規；負責機構編制、黨建、勞動工資、人事考核、任免、培訓、統戰、僑務、計劃生育、安全、工青婦等工作。負責農業行業及下屬單位科技人員隊伍建設規劃、管理和技術職務評審；組織協調幹部職工的思想政治工作。機關黨委辦公室設在組織人事處。
(十八)紀委辦公室、監察室(聯合辦公室)
負責本系統黨的紀律檢查和行政監督工作；負責檢查本系統黨組織執行黨的路線、方針、政策和國家法律、法規、法令的情況；研究制定本系統紀律檢查和行政監察的規章制度；組織開展黨紀政紀教育；組織對本系統單位財務活動的審計和監督；檢查本系統黨風廉政建設問題和黨員幹部違紀案件；受理群眾來信來訪和黨員及被監督對象的投訴、申訴；負責糾正行業不正之風。
離退休幹部管理處
貫徹中央、省、市關於離退休幹部工作的方針、政策；組織離退休幹部閱讀學習文件和政治活動；負責安排離休幹部的醫療、福利、休息和用車服務；有組織、有領導地充分發揮離退休幹部在社會主義兩個文明建設中的作用；會同有關部門辦理離休幹部的喪葬和康復事宜；負責局機關離退休幹部各項經費的管理；負責局機關直屬單位離退休幹部工作的檢查和指導，轉發和傳達有關文件；承辦上級交辦的與離退休幹部工作有關的其他事項。