但也要看到，公務員法在實際執行中還存在壹些需要高度重視和解決的問題。主要表現在:
1.公務員的“三個入口”即就業，“樓梯”即晉升通道，“出口”即正常退出機制的設計和實際操作還有壹定差距。由於分類管理實施嚴重滯後，職級工資制度宣傳不夠，千軍萬馬擠獨木橋的現象沒有根本改變。壹些地方和部門對出口設計領導職務的辭職、退職規定基本形同虛設。
2.公務員考核存在的問題顯而易見。現實中，公務員考核過於寬泛、形式化、走過場的現象非常普遍。“德、能、勤、績、廉”五項內容的考核沒有具體的指標體系來操作，缺乏針對性，使得考核基本失去了作為公務員績效評價依據的作用。
3.公務員分類管理制度遲遲沒有出臺。就我國公務員隊伍的現狀和公務員管理的實際情況來看，分類管理改革的滯後嚴重影響了公務員管理的方方面面。
4.公務員工資的亂象，特別是津貼、補貼、獎金制度，沖擊了公務員工資制度。公務員同工同酬的工資制度被壹些地方和部門打折扣，壹些政府部門以各種名義濫發補貼、獎金等實物，正在助長公務員和部門之間的攀比心理和違法行為，給社會造成了很大的負面影響。
5.公務員培訓重形式輕效果的現象比較突出。從實際情況來看，近年來盡管投入較大，但培訓的實際效果並不明顯。主要問題之壹是有關部門認識不夠，重視不夠；二是培訓走過場的現象比較普遍；第三，沒有嚴格有效的公務員培訓績效評估和考核體系。
6.不僅相關規定沒有得到落實和履行，本級絕大多數公務員至今也不知道壹些規定，使得中央的承諾成為空白，不利於穩定縣鄉兩級黨政主要領導，堅持領導幹部任期制，解決短期行為問題；也不能體現為縣鄉兩級黨政機關領導幹部在工資福利方面的優惠政策的制度意圖。
壹個建議:建議由省公務員局牽頭成立甘肅公務員制度研究中心，組織省內外有誌於研究我國公務員制度和公務員法的有關領導、專家學者、人事幹部和各類公務員，以多種形式參與實施公務員法、加快公務員制度建設等重大理論和實踐問題的研究，為政府提供決策咨詢作用。