1.授牌機構不同:中國中醫研究院培訓中心證書由中國中醫研究院培訓中心頒發，中國中醫信息研究所證書由中國中醫信息研究所頒發。兩個機構的背景和職能不同，所以證書的頒發機構也不同。
2.頒發範圍不同:中國中醫科學院培訓中心證書主要針對中國中醫科學院培訓中心的培訓項目，是對學員達到壹定標準的認可和肯定。中國中醫藥信息研究所證書是對中醫藥信息相關學術研究、專業認證和資格考試的認可。