(1)內部機構
1.辦公室
制定本系統年度工作計劃和相關工作制度；負責本系統目標管理的考核；起草和審核重要文稿；負責文電、機要、會議、檔案、督查、信訪、保密、密碼等工作；承辦稅務宣傳、新聞發布、政務公開和政府信息公開工作；承擔網站的運行和維護；組織稅收調研工作，開展稅收學會活動；辦理NPC代表和CPPCC委員建議的有關事宜。
2.政策和法規科
組織實施綜合稅收政策；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核；承辦局外綜合性稅收政策文件工作；承辦重大稅務案件的審理；辦理行政復議、賠償案件和行政訴訟案件；組織對稅收法律法規、部門規章和規範性文件實施情況的監督檢查，承擔稅收執法質量評估；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗貨物采購審計和領導幹部經濟責任審計；配合財政、審計等部門對稅務部門進行監督和審計。
3.商品及服務稅科
組織實施增值稅、消費稅和車輛購置稅的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與稅務相關的具體業務問題；組織實施相關稅種的納稅評估和稅源管理；管理增值稅專用發票及其他貨物和服務稅票，負責相關系統的推廣應用；指導相關稅收的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。
4.所得稅科
組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金(費)的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與稅務相關的具體業務問題；組織實施納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等措施；指導相關稅收的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。
5.收入會計科
牽頭編制年度稅收計劃、出口退(免)稅計劃，下達年度免(免)稅轉移計劃；監督檢查納稅和退稅情況；開展稅收分析預測、稅收能力測算、重點稅源監控和企業稅收數據調查；承擔稅務會計、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收數據的綜合管理和應用。
6.納稅服務科(納稅服務中心)
組織、協調、指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織實施保護納稅人權益的規章制度和規範性文件；組織協調實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴、涉稅事項和違法案件，負責政府接待和轉辦工作；組織實施納稅信用體系建設；指導稅務糾紛的調解；負責12366熱線、網站納稅服務專欄、短信系統的管理。執行註冊稅務師行業的規範性文件和管理制度；受理設立稅務代理機構申請的初審；對本地區註冊稅務師行業進行管理、監督和檢查。
7.收藏管理科
組織實施綜合稅收征管法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體操作辦法；組織實施綜合納稅評估方法，承擔稅收征管質量評估、風險管理和稅收征管因素分析；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控裝置推廣應用等相關工作。負責綜合征管軟件的推廣和應用；組織實施小型企業、個人和集貿市場稅收征管和稅收管理員制度。
8.財務管理科
組織實施會計核算基本規範，分析評估稅收成本；組織實施國庫集中支付，辦理具體支付事項；承擔本系統的基本建設、資產管理、政府采購和服裝生產。
9.人事教育組
組織實施幹部人事管理制度；承辦機構設置、幹部任免、人事調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；承擔對下壹級領導班子和領導後備幹部的管理、考核和監督；牽頭組織幹部離任審計；監督檢查本系統幹部人事規章制度的執行情況；制定年度檢查工作計劃，組織檢查工作。
組織實施本系統的精神文明建設、稅收文化建設和基層建設；制定並組織實施人才培養、學歷教育工作規劃和年度計劃，開展培養質量考核和評估。
10.監督辦公室
組織實施紀律檢查和行政監察制度，制定具體實施辦法；監督檢查下級領導班子及其成員執行民主集中制、選拔任用幹部、落實黨風廉政建設責任制和勤政廉政建設的情況；組織協調本系統黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本系統工作人員違法違紀行為的舉報、投訴和相關申訴；查處本系統工作人員的違法違紀案件和其他重要案件；開展執法監督和整改工作。
11.大型企業和國際稅務管理科
承擔為大型企業提供納稅服務的工作；承擔大型企業的稅源管理、納稅評估和日常檢查；承擔國家(地區)間有關稅收法律法規和稅收協定、安排的具體實施，承擔非居民企業所得稅管理工作；組織實施國家(地區)間特別納稅調整，解釋和處理具體業務問題；管理機關和系統的外事工作。
12.進出口稅收管理科
組織實施進出口貿易稅收管理，制定稅收管理的具體實施辦法；承辦出口貨物退(免)稅的審批工作；組織對進出口稅收政策執行情況的日常監督檢查；配合相關部門開展反騙稅工作。
機關黨委辦公室(思想政治工作辦公室)負責機關及直屬單位的黨群工作；承擔入黨積極分子和黨員發展的教育、培訓和考察工作；指導黨建、共青團、婦委會工作，負責共青團、婦聯工作；承擔機關精神文明建設和機關思想政治工作；組織實施本系統的思想政治工作。
系統工會工作委員會負責工會組織建設，維護幹部職工的民主權利和合法權益；指導本系統基層工會工作，負責市級機關工會工作；承擔幹部職工的慰問、救助和福利保障工作；負責工人住宅的建設；組織群眾文化體育活動。
離退休幹部處承擔機關離退休幹部的服務和管理工作，指導本系統的離退休幹部工作。
(二)直屬事業單位1。稽查局為副廳級，設在新鄉市文化街684號。
組織實施稅務檢查法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體實施辦法；組織協調稅收違法案件的調查、審理和執行；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關辦理稅務檢查；承擔金稅工程發票調查工作；牽頭組織稅收專項檢查。
稽查局設9個內設機構(副廳級)，分別是:辦公室、綜合選案部(舉報中心)、稽查科、案件審理科。
2.車輛購置稅征收管理分局？
組織實施車輛購置稅征收管理規章制度和規範性文件；承擔車輛購置稅的稅源管理、納稅評估、日常稽查和納稅服務；承擔車輛稅收的綜合管理工作；就各類車輛的最低應課稅價值提出建議；管理車輛購置稅票。
(3)公共機構
1.信息中心
落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，落實信息系統管理制度和技術標準；承擔本系統信息化建設的技術支持和保障；承擔稅收管理信息系統的數據管理和運行維護；組織本系統的信息安全管理和實施；承擔計算機設備的管理。
2.代理服務中心
承擔代理後勤事務的管理、保障和服務，制定代理事務的具體工作制度並組織實施；負責辦公用品的采購、儲存、分發和維護；參與機構後勤系統的改革；指導本系統的物流服務。
(4)附屬機構
新鄉市所轄縣(市、區)國家稅務局13個，分別是:高新技術產業園區國家稅務局、衛濱區國家稅務局、紅旗區國家稅務局、鳳泉區國家稅務局、牧野區國家稅務局、輝縣市國家稅務局、衛輝市國家稅務局、新鄉縣國家稅務局、獲嘉縣國家稅務局、原陽縣國家稅務局、演金縣國家稅務局、封丘縣國家稅務局