組織協調局機關工作，處理局機關黨委和行政日常事務，指導全市交通系統辦公室工作；負責文秘、會議紀要、政務信息、辦公自動化、保密、檔案、打印、信訪等工作；負責起草綜合性文稿、重要報告、史誌、年鑒等。；負責局機關重要活動和綜合性會議的組織協調；負責局機關效率和效果的考核及下屬單位的年度考核；負責政務公開和黨務公開的組織協調，落實信息公開工作；負責監督檢查機關各項管理制度的制定和全面工作；負責本局的資產管理、後勤及保安工作；負責局機關及指導下屬單位的文明衛生、計劃生育、醫療保健和綠化工作；負責交通新聞報道和新聞發布；承擔市國防動員委員會交通戰備辦公室的具體工作。
負責宣傳黨的路線、方針、政策；指導交通行業精神文明建設、思想政治工作和職工隊伍建設；制定爭創文明單位(行業)的實施方案和年度工作計劃，做好各類創建活動的指導、監督、考核和總結工作；參與作風建設、文明執法監督，做好交通行業的服務指導工作；負責交通系統職工思想政治工作的研究。
組織和人事科:
負責起草並組織實施黨組織建設工作計劃和目標，監督檢查黨建工作重大部署的落實情況；負責分管局機關幹部的培養、選拔、考察和領導班子建設相關工作，指導本系統幹部隊伍建設；負責局機關管理，指導下屬單位的機構編制、幹部人事、社會保障、勞動工資等管理工作；指導局機關和直屬單位的智力引進、人力資源開發和人才培養工作；指導交通行業技師考核、工人在職培訓、工人技術等級評定、技術職稱和繼續教育工作；負責局機關及直屬單位出國(境)及相關外事的處理；負責幹部檔案管理，指導基層單位幹部檔案管理工作；負責統戰、臺(港、澳)、僑務和知識分子工作；負責集中報表的統計和黨費的管理；負責局機關離退休幹部的服務和管理，指導下屬單位落實老幹部政策。
財務管理科:
指導和監督行業內有關財經紀律和財務制度的執行；負責編制本級財務計劃(預算)，審核局屬單位財務計劃(預算)，審批局屬單位年度決算；組織編制各種財務會計報表，定期進行財務審查和經濟活動分析；負責資金的籌措、調度和結算以及基建項目的撥款；指導局機關及下屬單位的資金運作和預算管理；指導和監督港口費和交通行政費的征收管理；負責系統內政府采購工作；負責總局及局機關財務結算中心的財務核算工作；負責轉制企業的銜接。
紀委、監察廳、審計局:
負責局系統黨風廉政建設的日常工作，制定與黨風廉政建設有關的規章制度；組織開展黨風黨紀教育，負責整改、執法監督、案件檢查和審理；負責局系統內部審計；制定爭創文明單位(行業)的實施方案和年度工作計劃，做好各類創建活動的指導、監督、考核和總結工作；負責指導作風建設、文明執法和監管，做好交通行業的服務指導工作；組織開展局機關服務品牌創建工作，指導下屬單位做好服務品牌創建工作。
證券法律部:
貫徹交通行業安全和法制政策法規；負責交通行業地方性實施意見和規範性文件的起草和審查；負責協調和指導交通行業安全生產工作；督促各級交通運輸行政執法和行政管理單位嚴格履行行業安全監管職責，監督檢查全系統安全生產和勞動保護工作，落實安全生產責任制和責任追究制；負責交通法律法規宣傳、安全教育和法制教育培訓；協助有關部門調查處理重大事故；指導局機關及下屬單位內部消防管理和社會治安綜合治理工作；指導和協調交通應急處置、突發公共事件處置和環境汙染防治工作；負責交通行業的法制工作，協調交通行政單位的行業管理；管理交通執法證件，負責執法人員的資格審查和崗位培訓；指導和協調交通運輸行政執法和執法監督工作；負責交通行政復議案件和行政賠償事務；承辦局機關行政訴訟案件，開展法律服務和咨詢工作。
行政事務科:
負責協調執法單位、行政服務中心和相關部門的審批業務關系，研究梳理、增減、提速、網上審批等交通行政許可和非行政許可項目管理工作；負責行政服務中心的申請受理、形式審查、行政許可決定、文書發放、收費等交通行政許可、審批(服務)業務，集中統壹行使交通行政許可、審批(服務)職責；負責咨詢和提供與行政許可、審批(服務)業務相關的服務；負責許可證和批準文件的管理；負責行政服務中心本部門窗口的運行和管理。
綜合規劃科:
研究擬定全市公路、水路、港口、城市公共交通、交通物流等交通行業的發展戰略、規劃和實施方案；擬訂全市綜合交通運輸體系發展規劃；負責編制交通行業基礎設施建設項目資金使用計劃；負責交通基礎設施項目的前期論證、設計審批和後評價；負責局機關和基層單位基建項目的審批和管理；負責交通行業的統計、分析和預測；貫徹蘇州市科技和信息化政策，制定全市交通行業科技和信息化發展規劃和實施計劃；組織實施交通科技重點項目，負責科技成果鑒定和新技術推廣應用，推動全市交通行業科技進步和信息化發展；負責交通行業科技、信息化、質量、標準、計量、節能減排等管理工作；指導全市交通系統信息網絡建設，協調推進電子政務工作，負責局網站和交通應急信息平臺建設。
交通建設管理科(交通行業和交通行業工程招標辦公室):
負責組織實施重點交通工程建設；負責交通工程建設實施階段的程序管理；負責工程變更文件的管理；負責全市交通基礎設施建設市場的綜合監督管理，維護市場平等競爭秩序；負責交通行業和工業項目招標活動的監督管理；負責交通建設市場主體的資質管理和信用管理；負責全市交通基礎設施的抗震防災管理；組織協調鐵路建設項目前期管理工作。
綜合運輸科:
根據交通規劃和計劃，指導全市綜合交通體系建設；負責組織協調全市公路運輸、水路運輸、城市公共交通、城市軌道交通等交通行業的管理工作；負責全市運輸能力的綜合平衡，落實國家指令性運輸計劃和應急物資、重點物資的運輸安排；指導和協調指令性計劃、重點物資、應急物資、節日運輸等運輸保障工作；監督運輸服務業相關政策、技術標準和管理規範的實施；引導交通樞紐和交通物流業發展；負責收集和匯總國內外行業發展趨勢及相關信息，建立行業信息庫；指導交通行業的體制改革和結構調整。
港口管理處(港務局):
貫徹國家、省和蘇州市有關口岸的方針政策、法律法規，制定相關管理規定並組織實施；負責港口及港口工程建設項目的跟蹤管理和綜合協調，監督港口公共設施和港口配套設施的建設、維護和管理；負責港口行政管理、港口行業管理、港口市場秩序監管和港口行業統計；按照國家、省和蘇州市的有關規定收取港口費；加強港口發展戰略研究，編制並組織實施轄區內口岸開放規劃和計劃，負責審批本地區壹類、二類口岸的開放或關閉；負責協調口岸查驗機關按照各自職責和規定做好口岸查驗監管工作。
信訪辦:
認真貫徹《國務院信訪條例》和《江蘇省信訪條例》，保護信訪人合法權益，維護信訪秩序；認真處理來信來電，接待來訪；受理、交辦和轉發信訪人提出的信訪事項；承辦上級和同級部門交辦的來信來訪；及時處理NPC代表和CPPCC委員的建議；協調處理重要來信來訪；調查分析信訪新情況，做好網上信訪和市服務中心“民生110”熱線工作；負責交通系統信訪工作的監督和指導；完成領導交辦的其他任務。
工會:
制定全系統工會工作目標和計劃並組織實施；指導全系統基層工會工作，開展工會幹部教育、培訓和管理工作；指導基層工會開展建設“職工之家”、教育女職工和“為婦女建功立業”活動，加強工會自身建設；圍繞運輸中心工作，組織開展勞動競賽、合理化建議和各種具有交通行業特點的群眾性經濟技術創新活動；指導基層工會開展思想教育，掌握交通職工隊伍狀況和思想動態，維護和保持職工隊伍的穩定；組織群眾性文體活動，加強交通職工隊伍建設，提高職工素質；抓好基層工會組織建設，指導基層工會建立健全職工代表大會制度，維護職工合法權益，加強民主參與、監督和管理；配合局黨委做好對員工的送溫暖工作，關心他們的生活；組織全系統勞動模範的評選和管理，指導勞動模範支部開展好活動；完成局黨委和上級工會交辦的其他工作。
WoC:
宣傳貫徹黨的路線、方針、政策，圍繞局的中心任務開展工作，全面提高女職工的政治、思想、文化素質，團結、動員和組織女職工積極參加交通事業的發展；全心全意為女職工服務，引導全系統婦女樹立“四個壹”精神，宣傳普及婦女兒童法律法規，依法維護婦女兒童合法權益，為廣大婦女辦實事；認真完成上級婦聯下達的任務，積極開展“創先爭優”活動；組織培訓、交流和研討，提高系統女職工的理論素養、知識水平和工作技能，加強與局相關部門的合作，開展各種活動；關心女職工的業余生活，結合婦聯組織的特點，利用“三八”等節日，因地制宜地開展各種有益於婦女身心健康的活動；積極向市婦聯推薦優秀婦女人才，宣傳表彰婦女先進典型，弘揚社會公德、家庭美德和職業道德；配合有關部門宣傳計劃生育政策和婦女保健知識，引導婦女落實計劃生育國策，確保全系統計劃生育工作年度目標的圓滿完成。
團委:
切實加強共青團的思想建設、組織建設和作風建設，建立健全共青團的各項規章制度；組織和帶領青年學習貫徹黨的路線方針政策，學習馬克思主義理論，努力提高廣大團員的思想政治素質和道德素質；做好組評工作，開展以“優中選優、舉薦人才”為主要內容的“雙推”工作，選樹、宣傳各類優秀青年典型；引導團員青年開展創先爭優活動；引導基層組織著力提高青年職工的思想道德素質、科學文化素質，開展爭創“青年文明號”、爭當“青年崗位能手”、創新創效等活動；組織開展系統的青年誌願者活動和適合青年特點的娛樂活動；調查研究青年思想動態，做好黨的青年工作；按時收取團費；完成局黨委和上級團組織交辦的其他任務。