1.醫學遺傳學與發育生物學省級重點實驗室
2.藥物化學與分子診斷省級重點實驗室
3.腦科學研究所
4.細胞生物學研究所
5.感染和免疫研究所
6.食品安全研究所
7.藥物動力學研究所
8.心血管疾病研究所
9.眼科和視覺醫學研究所
10.牙科醫學研究所
11.衛生管理研究所
12.臨床醫學研究中心
13.龔* * *衛生與健康管理研究中心
14.心理學研究中心
15.老年學研究中心。
此外，杭州醫學院還擁有多個教授工作站、博士後流動站和流動學術創新團隊，為科研提供了有力支撐。