貝類養殖的全過程主要包括養殖場的選擇、采苗、培育、育肥和采收加工。貝類的增長率在逐漸降低。為提高海域利用率，壹般應在生長率明顯降低的年齡進行捕撈，時間短的只有幾個月到1年，如褶牡蠣；壹般2 ~ 3年，如牡蠣、蛤蜊、貽貝等。；而珠母貝為5-6年。最佳收獲期是每年開始配種前的時期，也是軟的部分最肥的時候。收獲時，人工將固定或附著的物種從附著物上剝離，掩埋的物種與待篩選的沈積物壹起挖出，掘洞的物種只能從底料中挖出。
從20世紀70年代開始，壹些工業化國家在沿海水域汙染嚴重或缺乏淺海灘塗的情況下，嘗試在陸地人工池塘中養殖貝類，依靠投餌和循環過濾水系統集約化養殖牡蠣，使貝類養殖發展到完全人工階段。此外，貝藻套種不僅可以充分有效地利用場地和設備，還可以產生互惠互利的生態效益，如我國的貽貝或扇貝與海帶套種，牡蠣與紫菜套種等。，從而達到增產的目的。為了充分利用餌料或多層次利用，馬來西亞對蝦和格蘭諾拉麥片混合養殖取得了良好的效果。