首先，他們的角色不同。
《國家基本藥物》主要用於通過指導藥品生產企業的生產方向，指導臨床醫生合理選擇藥品品種，保障基本藥物的市場供應。基本醫療保險藥品目錄的主要作用是控制基本醫療保險支付藥品費用的範圍，是社會保險經辦機構支付參保人員藥品費用的依據。其目的是保障參保人員的基本醫療需求，保證醫療保險基金的收支平衡。
第二，制定依據不同。
“國家基本藥物”主要考慮臨床用藥的合理性和安全性，以及全社會的基本用藥水平。《基本醫療保險藥品目錄》在考慮參保人員安全性和療效的同時，重點考慮了基本醫療保險基金的承受能力和藥品價格因素。
第三，適用範圍不同
國家基本藥物適用於全社會所有人群，而基本醫療保險藥品目錄只適用於基本醫療保險參保人員。
第四，實施效果不同。
“國家基本藥物”對臨床醫生用藥起到指導作用，主要通過社會宣傳和醫生培訓引導自覺使用目錄；社會保險經辦機構繳費時執行《基本醫療保險藥品目錄》。
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