1926至今，歷任中央大學、重慶大學、四川大學教授，園藝系主任。他還在上海、北京、開封、南京和重慶的城市公園設計和管理部門、園藝場和農場擔任高級技術員。李菊是著名的園藝師、園藝家、花卉專家，中國現代園林建設的開拓者之壹。
1928在CUHK農學院任教授兼園藝系主任時，與郭旭晶教授等人發起成立中國園藝學會，並任理事長。
1932之後，李菊先後被浙江省建設廳農業改良總場聘為高級園藝師，在重慶大學、四川大學等高校擔任園藝系教授、系主任。在此期間，他主要教授風景園林、苗圃學、花藝學、觀賞樹木、植物拉丁名稱和教學實踐等課程。除了編寫教學講義和參考資料外，他還在浙江調查果樹，編寫了《浙江楊梅枇杷調查報告》，發表在1933《浙江農業改良總場》專刊上。《苗圃學》於1935年編纂出版，對苗圃的建立和苗木的繁殖、培育、管理起到了重要的指導作用。從1938年間重印了四次。主編《植物拉丁學名釋義》、《行道樹種植方法》、《成都園林建設改進》。
除了教學，他還從事景觀設計和文物古跡的改造設計。特別是在1938至1948擔任成都市公園設計委員會委員期間，先後設計了成都少城、南郊公園、新都桂湖公園、姬伯醫院等公園、私家園林、陵園、校園，並結合公園設計實踐，探索培養景觀專業人才所需的學科內容。
新中國成立後，李菊仍是四川大學農學院的教授。1951，也是成都市建設規劃委員會委員，成都市文物修繕委員會委員。在教學之余，他主持了成都人民公園、勞動人民文化宮、杜甫草堂、昭覺寺的設計和改造。
李菊回國後，從事教學工作，但也長期承擔繁重的園林設計工作。在南京，他參與了中山陵的設計，采用了西方的規整布局手法，采用高大的常綠針葉樹雪松作為基調樹種，烘托了陵寢的隆重、莊嚴、肅穆的氣氛。他在擔任南京公園管理局局長時，提出了林蔭街的概念，並在南京實施道路綠化中實現了這壹思想，成為近代中國城市道路綠化的倡導者之壹。
李菊運用國外理論並結合國內實際，從1927設計了開封龍亭公園和方塔寺公園。南京的玄武湖公園、秦淮河公園、中央大學校園；重慶大學校區、重慶教育學院校區；杭州的湖濱公園；成都少城公園，新都桂湖公園等。在設計上，他吸收了西方國家公園的手法和大眾遊憩休息的模式，建立了杭州的開放式湖濱公園和南京的玄武湖公園。這些公園仍然保持著最初設計的原型。開封龍亭公園的設計得到了馮玉祥將軍的稱贊。後來又被推薦為蔣介石設計了浙江溪口的妙高臺花園、何香凝的五福花園以及其他知名人士的花園和墓地。
解放後，園林事業得到重視和發展。在現代公園和綠地的建設中，他結合我國的設計，更早、更多地運用西方園林的布局手法。他是中國現代公園建設的先驅之壹。
李菊，園丁、園藝家、花卉專家。他為中國設計了許多著名的園林和景點，是中國現代公園建設的先驅之壹。長期從事植物拉丁學名的收集、整理和編纂工作，著有《苗圃學》等。他曾經是幾所大學的園藝和景觀建築系的系主任。他是中國園藝學會的創始人之壹。