紅旗連鎖的前身是成立於1969年的四川地區最大的副食品零售企業、成都三大老牌商場之壹的國營成都市紅旗商場。 上世紀九十年代，紅旗商場為了謀求發展，以超前的眼光成立了紅旗商場批發公司直銷商場，將分場開到各大小區內，成為當時並不多見的社區連鎖超市。1972年進入紅旗商場工作的職工曹世如成為紅旗商場批發公司經理。這個不具備獨立法人資格的內部批發部門，年銷售額、實現利稅卻占全商場銷售、利稅的80%以上.2000年6月，紅旗商場批發公司在曹世如的帶領下，脫離紅旗商場實施改制，單獨組建了民營的紅旗連鎖有限公司.2002年3月，紅旗連鎖有限公司成功註冊了相關類別的“紅旗”商標。同時被評為成都市著名商標、四川省著名商標。
2004年5月，紅旗連鎖有限公司向成都紅旗商場集團有限公司發出律師函，要求其停止對“紅旗”商標的侵權行為，並針對其商標侵權行為提出經濟賠償。紅旗連鎖向供貨商發出的通告稱，“紅旗連鎖是‘紅旗’商標惟壹合法的使用者”。曹世如強硬表示，“成都商場只能有壹面‘紅旗’，使用商標不是看歷史形成，而應該尊重法律。”
2005年3月，紅旗連鎖有限公司通過曲線方式收購了成都紅旗商場（集團）有限公司。2010年5月20日，成都紅旗連鎖股份有限公司正式創立。