保稅區與非保稅區(指中國其他地區，下同)的邊界應設置完善的隔離設施。第三條保稅區主要發展對外貿易、轉口貿易、出口加工、倉儲運輸。
保稅區允許從事為保稅區生產生活服務的金融、保險、期貨、商品展覽等業務。第四條中國境內外的公司、企業、其他經濟組織和個人(以下簡稱投資者)可以在保稅區投資設立符合本條例第三條規定的企業或者機構。第五條保稅區投資者的合法權益受法律保護。
企業、事業單位和個人必須遵守中華人民共和國的法律、法規和本條例的有關規定。
嚴禁利用保稅區進行走私等違法活動，違者按國家法律法規規定進行查處。第二章管理機構和職責第六條保稅區設立管理委員會(以下簡稱管委會)，代表福州市人民政府實行統壹領導和管理，協調國家有關部門在保稅區的工作。管委會的主要職責是:
(壹)制定保稅區的建設規劃和經濟發展計劃，經批準後組織實施；
(二)制定保稅區管理實施細則並組織實施；
(三)審批保稅區內的投資項目；
(四)負責保稅區的規劃、土地、建設、房產、環保、工商行政管理、稅務等方面的管理；
(五)負責保稅區公共基礎設施的建設和管理；
(六)協助海關和其他有關部門辦理保稅區內的相關業務；
(七)審批保稅區內中方人員臨時出國、出境或商務培訓的申請；
(八)為企業提供咨詢和服務；
(九)行使省、市人民政府授予的其他職權。第七條保稅區內設立海關和管委會認為必要的其他管理機構。
在保稅區內隔離設施出入口和進出非保稅區的通道外設置海關監管場所。第三章投資和管理第八條投資者在保稅區申請企業，可先向工商行政管理部門辦理工商登記，再向海關和稅務機關辦理登記手續。第九條企業建設項目的設計方案必須符合保稅區的總體規劃，並報管委會備案。第十條轉口貿易貨物在保稅區的儲存時間不得超過壹年。有特殊情況的，經海關批準可以適當延長，但延長期限最多不超過壹年。第十壹條保稅區內允許進行貨物分類、包裝、分裝、揀選、貼標簽等簡單商業加工。第十二條企業可以經營本企業自用的原材料、零部件、設備、辦公用品和車輛的進出口業務，並可以直接從事與生產有關的加工業務。第十三條企業可以從非保稅區直接購買生產出口產品所需的原輔材料、零部件、配套件、包裝材料和半成品。用上述料件加工的增值產品出口，經管委會確認後，視同保稅區產品出口，享受保稅區優惠待遇。第十四條除國家另有規定外，所有實行進出口許可證管理的貨物從境外運入保稅區或從保稅區運往境外時，均免領許可證；從保稅區到非保稅區或者從非保稅區出境的，按照國家有關規定辦理。第十五條企業和辦事處必須建立財務會計賬簿，按照國家有關規定向管委會報送會計和統計報表；多種經營企業應當按照業務種類分別設置會計賬簿。
對進出口免稅和保稅貨物，必須建立海關認可的專用賬冊，並定期送海關核查。海關有權檢查貨物及相關經營場所。第十六條企業可以依法自主確定機構設置、人員編制和工資分配；企業需要的職工可以自行招聘和招聘，也可以委托管委會有關部門代為招聘和招聘，但必須依法與職工簽訂書面勞動合同，做好勞動保護，落實勞動保險。第十七條企業職工有權依法建立工會組織，開展工會活動，維護職工合法權益。第十八條企業的停業、關閉和破產，按照國家有關法律、法規辦理。第十九條企業在保稅區內變更名稱、變更法定代表人、變更生產、搬遷、合並、轉讓或者提前終止的，必須經管委會批準，並在規定期限內向工商行政管理、稅務等部門辦理變更登記、註銷登記等有關手續，向海關備案。第四章金融保險第二十條經金融監督管理部門批準，允許國內外銀行、金融機構和保險機構在保稅區設立分支機構，經營經批準的金融保險業務。