商標海關備案，是知識產權海關保護備案的壹個俗稱。簡單來說，就是企業或經營戶把自己的商標在海關總署進行備案。申請書應當包括下列內容：（壹）知識產權權利人的名稱或者姓名、註冊地或者國籍等；（二）知識產權的名稱、內容及其相關信息；（三）知識產權許可行使狀況；（四）知識產權權利人合法行使知識產權的貨物的名稱、產地、進出境地海關、進出口商、主要特征、價格等；（五）已知的侵犯知識產權貨物的制造商、進出口商、進出境地海關、主要特征、價格等。
法律依據：
《中華人民***和國海關法》
第八十七條海關準予從事有關業務的企業，違反本法有關規定的，由海關責令改正，可以給予警告，暫停其從事有關業務，直至撤銷註冊。
第八十八條未向海關備案從事報關業務的，海關可以處以罰款。
第八十九條報關企業非法代理他人報關的，由海關責令改正，處以罰款；情節嚴重的，禁止其從事報關活動。
報關人員非法代理他人報關的，由海關責令改正，處以罰款。