(1)申請人向分中心提交正式申請，領取有機食品認證申請表，繳納申請費。
(2)申請人填寫有機食品認證申請表，領取有機食品認證問卷和有機食品認證書面材料清單。
(3)申請人應按要求建立企業的質量管理體系、質量保證體系的技術措施和質量信息跟蹤處理系統。
(4)分中心對申請人進行預審，預審通過的分中心將相關材料抄送認證中心。
(5)認證中心根據分中心提供的項目預估檢查時間，根據檢查時間和認證費用管理細則制定初步檢查計劃並預估認證費用。認證中心向企業發送受理通知書和檢驗合同，同時通知分中心。
(6)簽訂有機食品認證檢驗合同。申請人確認受理通知後，與認證中心簽訂檢驗合同，支付50%的相關費用，並委派內部檢驗員(生產加工1)配合認證工作，進壹步準備相關材料。所有材料應抄送分中心，壹份書面文件，壹份電子文件。
(7)分中心對申請人及其材料進行全面審查，並將審查意見和申請人的全部材料抄送認證中心，認證中心審查並決定“何時”進行審查。
(8)所有材料審查合格後，認證中心將派出合格的檢查人員對申請人的質量管理體系、生產過程控制體系、跟蹤體系、原產地、生產、加工、倉儲、運輸、貿易等進行現場檢查和評價，並編寫檢查報告送認證中心。
(9)認證中心進行綜合評審，編制認證評估表，提出評估意見，報技術委員會審議。綜合審查後，作出批準認證、有條件認證、有機轉化認證或拒絕認證的決定。根據證書和《有機食品標誌使用管理規則》的要求，簽訂有機食品標誌使用許可合同，辦理有機食品商標使用手續。證書有效期為1年。