國家商標主管機關簡稱國家主管機關，是指本協定成員國的政府指定本國負責商標註冊的機關，或者是指由本協定幾個成員國政府***同指定的負責商標註冊的機關。從各有關國家主管機關的情況來看，除比荷盧商標局由比利時、荷蘭、盧森堡三國政府***同指定的本國負責商標註冊的機關以外，其余均為各成員國政府指定的本國負責商標註冊的機關。
各國家主管機關在馬德裏協定成員國中只能有壹個，其職能是負責或主管商標國際註冊，我國商標主管機關是國家工商行政管理局商標局，它是由我國政府指定的唯壹負責商標國際註冊工作的官方機構。各國家商標主管機關的職能主要是：
（1）受理國際局轉來的領土延伸的申請。凡申請領土延伸至馬德裏某成員國的，按照有關規定，其申請壹律由國際局轉到該國商標主管機關，並由該主管機關受理。例如，德國某公司申請壹商標領土延伸至我國，國際局將該申請轉到我國商標主管機關商標局，收到申請後，商標局開始受理。
（2）向國際局轉送國際註冊申請。原屬國的商標所有人申請其商標領土延伸至馬德裏協定有關成員國的，必須通過原屬國商標主管機關，向國際局提交申請。在這裏面，商標主管機關起到了轉送商標領土延伸申請的作用。
（3）商標國際註冊代理人
商標申請人在申請商標國際註冊時，可以直接到原屬國主管機關辦理，也可以委托代理人代理。壹般來講，如果申請人自己有能力辦理申請的，都願意直接到國家主管機關提交申請；如果申請人無能力辦理的，則可以委托代理人代理。代理人在馬德裏商標國際註冊體系中是指受商標國際註冊申請人委托，代理國際註冊有關事宜的機構，代理人往往以律師事務所、專利律師事務所或法律事務所的形式出現。
代理人是民間機構，其代理職能主要是：
A、受申請人委托，代理申請人商標國際註冊申請及其他有關事宜。代理人受委托代理商標國際註冊申請人最基本的壹個條件是，只有當申請人委托代理人代理商標國際註冊申請時，代理人才能代理；若申請沒有委托代理，則代理人無權強行代理。
B、受國外申請人委托，代理其商標國際註冊以及其他有關事宜的法律申訴。商標國際註冊申請指定《馬德裏協定》某些有關國家保護的，各有關國家按其國內法受理申請。
若申請被駁回，其申請人可以委托各有關國家的代理人代理其申請的法律申訴。
凡是受委托代理商標國際註冊及其他有關事宜，代理人都要收取代理費。代理費用的多少視同國家的代理人、代理事項不同、事項代理的時間長短而有所不同。