在計算企業所得稅時，《企業所得稅法實施條例》
第八條規定，企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，準予在計算應納稅所得額時扣除。
第四十壹條第（壹）款規定，企業與其關聯方之間的業務往來，不符合獨立交易原則而減少企業或者其關聯方應納稅收入或者所得額的，稅務機關有權按照合理方法調整。
第四十七條規定，企業實施其他不具有合理商業目的的安排而減少其應納稅收入或者所得額的，稅務機關有權按照合理方法調整。
《企業所得稅法實施條例》第壹百壹十壹條規定，企業所得稅法第四十壹條所稱合理方法，包括：
（壹）可比非受控價格法，是指按照沒有關聯關系的交易各方進行相同或者類似業務往來的價格進行定價的方法；
（二）再銷售價格法，是指按照從關聯方購進商品再銷售給沒有關聯關系的交易方的價格，減除相同或者類似業務的銷售毛利進行定價的方法；
（三）成本加成法，是指按照成本加合理的費用和利潤進行定價的方法；
（四）交易凈利潤法，是指按照沒有關聯關系的交易各方進行相同或者類似業務往來取得的凈利潤水平確定利潤的方法；
（五）利潤分割法，是指將企業與其關聯方的合並利潤或者虧損在各方之間采用合理標準進行分配的方法；
（六）其他符合獨立交易原則的方法。
根據上述規定，境內工廠與境外母公司為關聯方，其向境外母公司支付商標使用費符合獨立交易原則，同時具備合理商業目的的安排，並且與境內工廠取得收入有關、合理的支出，可以在境內工廠的所得稅前扣除。否則，稅務機關有權按照合理的方法調整。