法律分析：商標使用許可合同未備案的後果：商標使用許可證如不備案，許可人或者被許可人所在地工商行政管理機關將責令限期改正；拒不改正的，處以壹萬元以下的罰款，直至報請商標局撤銷該註冊商標。
法律依據：《中華人民***和國商標法》第四十三條
商標註冊人可以通過簽訂商標使用許可合同，許可他人使用其註冊商標。許可人應當監督被許可人使用其註冊商標的商品質量。被許可人應當保證使用該註冊商標的商品質量。
經許可使用他人註冊商標的，必須在使用該註冊商標的商品上標明被許可人的名稱和商品產地。
許可他人使用其註冊商標的，許可人應當將其商標使用許可報商標局備案，由商標局公告。商標使用許可未經備案不得對抗善意第三人。