東晉末年(公元317-公元420年)，大將軍劉裕北伐。秦滅後，長安的工人全部遷到國都建康(今南京)，其中織錦工匠占了很大比例。後秦的織錦工匠繼承了漢代、曹魏、西晉、十六國初期少數民族的織錦技藝。
公元417年，東晉在建康設立錦部，被視為南京雲錦正式誕生的標誌。
自元代以來，雲錦壹直是皇家服裝的專用品。
到了明代，織錦技術日趨成熟和完善，形成了南京絲綢提花織錦的地方特色。
《紅樓夢》作者曹雪芹的祖父曹寅在江寧做了20年的織布工。這壹時期的織錦種類繁多，圖案莊重，色彩艷麗，代表了南京織錦技術在歷史上的最高成就。鼎盛時期，南京雲錦織造擁有3萬多臺織機，近30萬人以it及相關行業為生。是當時南京最大的手工業。
1949之後，政府投入數千萬元對織錦進行恢復保護。南京雲錦研究院還成功、科學地仿制了20世紀70年代湖南長沙馬王堆漢墓出土的“素紗衣”，北京十三陵定陵出土的明萬歷皇帝“織金孔雀翎、妝紗袍”。但雲錦依然面臨後繼無人的局面，全國真正懂織錦技術的。
1954年，為了拯救瀕臨滅絕的南京雲錦，成立了雲錦研究工作組。
65438-0957江蘇省政府批準成立南京雲錦研究院，是國內唯壹集科研、生產、展覽、銷售為壹體的專業機構。
從1979發展到15加工工位，97臺織機，300多名對外加工人員。還開發了失傳多年的妝花、妝紗、妝絲等傳統品種。從20世紀70年代到21世紀初，南京雲錦的研究人員逐漸恢復了瀕臨消亡的南京雲錦織造技術，收集整理了雲錦圖案和圖紙，培訓了藝人，恢復了雙面錦、凹凸錦、妝紗等失傳品種，仿制了漢代的素紗禪衣、宋代和明代的童子戲桃和絹。
2001年，南京雲錦正式申報人類口頭和非物質遺產，排在古琴之後。
2004年，在南京市政府的支持下，南京雲錦博物館成立。2003年至2005年，南京雲錦研究所生產的“吉祥”牌南京雲錦分別獲得南京市和江蘇省名牌產品稱號。
5438年6月+2005年10月，南京雲錦“吉祥”牌商標被南京市評為著名商標。
5438年6月至2005年2月，南京雲錦研究所的“吉祥”牌南京雲錦被國家質檢總局推薦為首批30個地理標誌產品之壹，成為中國首批獲得國際權威組織認可的地理標誌產品。南京雲錦研究院保留了歷史上所有的化妝技藝，並成功復制了明定陵出土的萬歷皇帝龍過肩的化妝紗，織成長袍。自1979以來，該研究所復制了100多件長袍和織物。
5438年6月+2006年10月，雲錦所再次受北京定陵博物館委托，仿制了壹件明萬歷皇帝的龍袍。
2006年5月20日，南京雲錦木機化妝手工編織技藝被國務院批準列入第壹批國家級非物質文化遺產名錄。南京雲錦研究院有限公司的朱峰、周雙喜，江蘇漢唐織錦工藝的金文，是國家級非物質文化遺產項目——南京雲錦木機化妝的代表性傳承人。省級傳承人是雲錦老藝術家朱峰的吳稀兒。
2009年，根據《地理標誌產品保護條例》，南京雲錦研究所被國家質檢總局批準為第壹批地理標誌使用單位，“南京雲錦”獲得地理標誌產品保護。
2013年，南京唯壹獲得雲錦地理標誌保護的雲錦院“吉祥品牌”推出雲錦專用標誌。
2013年，由南京雲錦研究院有限公司等4家標準起草單位參加的雲錦地理標誌國家標準評審論證，對雲錦地理標誌國家標準實施5年來的情況進行了總結和評估。