1、所需的資料不同：
個人註冊商標需提交的資料：個體戶營業執照、本人身份證復印件。
公司註冊商標需提交的資料：公司營業執照。
2、兩者申報的範圍不同：
個人註冊商標的申報範圍：申報商標只能在個體戶營業執照經營範圍或是在從事項目上申報。
公司註冊商標的申報範圍：申報商標指定的商品或服務不受經營範圍限制。
3、商標變更的方式不同：
個人註冊商標變更：個人註冊的商標註冊地址壹般是個人身份證上的，身份證信息壹般不會發生改變，除非特殊情況，所以個人註冊商標比較穩定，鮮少會發生變更事項。
公司註冊商標變更：公司註冊的商標假如公司地址發生變更，則商標也要相應做變更。
4、兩者的歸屬權不同。
個人註冊的商標：歸個人所有。
公司註冊的商標：歸公司所有。