辦公室
協助局領導處理日常工作，負責重要文件起草、文書檔案管理、機要保密和會議組織；承擔綜合性調研、信息、宣傳、政務督查和信訪受理工作；負責本系統先評優及表彰工作；負責管理後勤服務中心工作；負責對外聯系與協調、社會綜合治理工作。
計劃財務科
負責編制和下達全市工商行政管理系統年度收支預決算計劃；組織實施系統年終決算；組織系統收入，調配系統經費；負責對系統資產、行政事業性收入、罰沒收入和專項收費票據的管理；按權限制定和下達系統基本建設計劃，管理系統裝備；負責制定系統財務管理辦法和財務制度；制定內部審計制度，並依照有關法律法規對系統壹切財務收支活動的真實性、合法性和完整性進行內部審計監督；負責本系統社會保險管理工作。
人事教育科
負責全市縣（區）工商局領導班子和領導幹部考察考核管理工作；負責市工商局備案幹部審查和宏觀管理工作，負責本系統人事、勞動工資等項管理工作；負責本系統離退休人員的管理和服務工作；負責局機關和下屬單位機構、編制、人事管理等工作；組織編制實施本系統基層工作、教育培訓工作規劃和年度計劃；歸口管理本系統各事業單位機構編制，人事管理工作；負責本系統基層建設、隊伍建設和督查；指導市工商行政管理培訓中心的工作。
政研法規科
負責為領導決策提供調研資料，制定全局性調研計劃，承擔綜合性調研任務，組織協調全系統的調研工作，負責全市工商行政管理依法建制工作；組織開展工商行政管理執法監督和聽證工作；負責行政復議、行政應訴及行政賠償工作；負責組織法制宣傳培訓，指導本系統的法制工作。
市場規範監督管理科
制定全市規範市場秩序的規章制度及具體措施、辦法；組織規範管理各類市場的經營秩序；依法監督管理包括電子商務、網絡經濟等特殊交易行為在內的各類市場交易行為；監督管理經紀人、經紀機構和經紀活動，查處經紀違法案件；組織實施經濟合同行政監管，負責經濟合同爭議的行政調解和合同示範文本的管理工作；組織查處利用合同欺詐的違法行為，組織管理動產抵押登記，負責監督管理拍賣行為。
商標、廣告監督管理科
制定全市商標和廣告監督管理的制度、具體措施和辦法，組織實施對商標和廣告活動的監督管理，依法查處商標侵權案件和虛假廣告；組織推薦全省著名商標，負責商標使用許可合同和商標印制的監管工作，負責廣告經營的審批和廣告發布的登記；指導商標代理機構、商標廣告協會和廣告審查機構的工作。
個體私營經濟監督管理科
負責對個體經濟、私營經濟實行指導、監督和管理，依法維護個體工商戶、私營企業的合法權益和合法經營。調查研究個體私營經濟發展與管理情況，研究制定相關的監管措施和辦法；指導對個體工商戶、私營企業的登記註冊與監督管理工作，指導個體私營經濟協會工作。