化學防治赤黴病可通過播種前用0.2%福爾馬林溶液浸種2小時，或用氫醌100g加水100L配成0.1%溶液，播種前浸種30分鐘，然後取出晾幹播種。發病初期，65%代森錳鋅可濕性粉劑1000倍液，或72%農用鏈黴素2000倍液，或新植黴素(100萬單位)5000倍液，或DT可濕性粉劑500倍液，或DTM可濕性粉劑1000倍液，或50%加倫農。
秋收後，攤開塊莖，去病爛薯，噴灑72%農用硫酸鏈黴素2 000倍液和50%多菌靈可濕性粉劑800倍液，晾幹後入窖，防止腐爛；春季幹燥種子加速發芽，消滅病爛馬鈴薯，可有效減少病害的發生。