根據《最高人民法院關於審理商標民事糾紛案件適用法律問題的解釋》的規定，商標侵權案件的管轄權主要由以下兩個方面確定：壹是被侵權人所在地法院。即如果被告侵犯了被告人所在地的商標權，那麽被告人在其所在地的法院就有管轄權。二是侵權行為發生地法院。如果被告人在被告人所在地以外的其他地區實施了商標侵權行為，那麽該地區法院也有管轄權。除此之外，如果被告人和被告人都認為某個特定地區具有管轄權，那麽雙方可以選擇在該地區進行訴訟。
商標侵權案件的管轄權是否可以協議選擇？商標侵權案件的管轄權可以進行協議選擇，即被告人和被告人都認為某個特定地區具有管轄權，那麽雙方可以選擇在該地區進行訴訟。但是，協議選擇的管轄權必須滿足法律規定，並不得侵害他人的合法權益。
商標侵權案件的管轄權的確定，對於商標權利的保護和糾紛解決都具有重要意義。對於當事人來說，選擇合適的管轄法院，既能夠提高執行效率，又能保障自身的合法權益。
法律依據：
《中華人民***和國民事訴訟法》第二十四條 被告人的住所地、經常居住地或者侵權行為發生地的人民法院都有管轄權。