(1)申請主體不同。
爭議程序的申請人必須是先前註冊商標的所有人；撤銷補正程序的申請人可以是被請求撤銷商標註冊人以外的任何人；異議程序的申請人是任何人。
(2)適用對象不同。
爭議程序和更正程序中涉及的商標必須是註冊商標；異議程序涉及的商標是已經初步審定並公告但尚未核準註冊的商標。
(3)法定期限不同。
爭議程序的期限為爭議註冊商標核準註冊之日起1年；校正過程中的校正請求時間不受限制；異議程序的期限為商標初步審查公告之日起3個月內。
(4)申請原因不同。
提起爭議程序的理由是後註冊商標與其在先註冊商標在同壹種或者類似商品或者服務上相同或者近似；提起補正程序的理由是構成商標的文字、圖形或者其組合違反了《商標法》第10條的規定；異議程序的理由是商標違反了《商標法》的壹項強制性規定。
(5)受理機關不同。
爭議程序必須提交商標評審委員會；補正程序的受理機關可以是商標局，也可以是商標評審委員會；異議程序應當提交商標局，但對異議裁定不服的，可以向商標評審委員會申請復審。