此時山上有合江閣、王宇碑、武侯祠、大觀樓、講堂、忠義節廟、七仙廟等。其中，王宇碑上刻有奇怪的古篆文，分9行77字。由於字體古樸，看起來像壹只卷曲的蝌蚪，難以破譯。傳說碑文記載和歌頌了大禹治水的豐功偉績。
1668年，知府張啟勛擴建石鼓書院。1689年，知府崔明再次擴編。清代書院實行科舉，石鼓書院成為教授和培養科舉人才的地方。石鼓書院的山領導是很有名氣的。比如匡民本和林都是衡山縣人，都是讀書人，都是石鼓書院歷史上非常成功的山中領袖。
鄺民本是壹名23歲的學者。1723年，他受到李誌遠的賞識，被選為龔升。次年，他被提升到北京的國子監學習，在那裏他是壹個知縣的候選人，然後他被選為教師在景山皇宮。在做屏客的這些年裏，他不忘自己的名氣和進取精神，1729中考。三年後，他以庶吉士的身份考入國子監。
1754年，湖南巡撫聘其為長沙嶽麓書院負責人。三年後，他又被母親吊唁，於是離職回老家吊唁。此後，他長期居住在家鄉南嶽，潛心讀書。後來成為石鼓書院的負責人。因其精湛的學識和卓越的成就，受到了當時人的稱贊，士子有幸出校。
林業易1754年進士，官至國子監檢討，丁酉回家不歸。1761年被聘為石鼓書院負責人，掌管書院15年。他是學院歷史上最成功的山區領導人之壹。林除了在石鼓書院任職外，還在衡陽書院、衡山集賢書院、湘潭昭潭書院、永州群育書院任職，其“品行、學識、文章在當時皆受尊崇”。
石鼓書院的最後壹位山長是曾，姓，姓袁。晚年，他成了壹名農民。曾出身貧寒，兩歲喪父，靠母親縫補洗衣過著艱苦的生活。他叔叔經常幫助並啟發他閱讀。曾從小聰明勤奮，家鄉流傳著“酵母讀書”的故事。
8歲時，曾就能為別人背誦詩歌和寫春聯，在鄰裏之間被稱為“神童”。20歲進士，365歲進士，438+0歲進士，43歲殿試進士。他是掌管兵部的官員，兼職學者，畢的顧問。1894年，甲午戰爭爆發，曾參軍抗擊外敵入侵。《馬關條約》簽訂前夕，他積極參與康有為發起的“公車請願”，遭到清政府的拒絕。
於是，曾轉向“教育救國”，兩次受湖南當局之邀，到衡陽石鼓書院、漢壽龍池書院講學，並擔任湖南教育學會會長、湖南南路優秀師範學堂督學，被譽為“南學、學津”。
石鼓書院已成為湖湘地區引人註目的儒學傳播基地，並進壹步發展成為中國古代“講座式”書院的典範，為湖湘文化的演變和發展做出了突出貢獻。
1880年，陳賡中考，石鼓書院的朱松雲、譚信珍、楊壹鬥、陳鼎等都在進士之列。像清代中興名臣彭玉麟、衡陽第壹傳彭淑這樣的大才，都有所作為。
彭玉麟，本名雪芹，退居省庵主人，吟誦香火史。他在衡州府城石鼓書院讀書時，壹襲舊袍，三餐不繼，但自制力強，從不嘆息饑寒。此時，他的弟弟彭還沒成年就去了很遠的地方跟別人學生意，多年杳無音信。面對這壹困境，彭玉麟不得不放棄學業，在軍營找了壹份文職工作來養活他寡居的母親。然而，美玉總是不同於沙礫。在此期間，彭玉麟遇到了他人生中的第壹位伯樂，即衡州知縣兼專家。壹次偶然的機會，高誌堅在軍營裏看到了彭玉麟寫的壹份文件，稱贊他的文采和書法，於是招自己為徒。從那以後，彭玉麟的生活順利多了。後來，壹場轟轟烈烈的太平天國運動把湖南壹批優秀的知識分子推到了歷史的面前。
清末，彭玉麟任海軍總司令兼湘軍統帥，人稱薛帥。他與曾國藩、左並稱為清代三傑，與曾國藩、左、胡林翼並稱為清代“中興四大名臣”，是項海軍的創始人，也是近代中國海軍的奠基人。兩江總督兼南洋貿易大臣、兵部尚書關雎。
1853年9月至次年1月，曾國藩在衡州建立湘軍水師，石鼓書院附近的水域成為中國近代水師的搖籃。
1902石鼓書院改為衡陽市政府中學，1904改為湖南南路師範學校。
後來石鼓書院先後改為“橫軍女子職業學校”和“湖南省立第三師範學校”。由於石鼓山地形狹窄，無法滿足新學校的要求，學校也已搬遷，書院也就成了觀光祭祀的名勝。