軟件著作權申請流程如下：
1、填寫申請表。進入中國版權保護中心網站首頁著作權登記系統會員登錄，登陸後在線按要求填寫申請表，確認、並提交打印；
2、提交申請文件。申請人按照要求向版權局提交登記申請文件；
3、繳納申請費。申請人提交申請文件時，向中國版權保護中心繳納登記費；
4、受理申請。申請文件符合受理要求並繳納申請費的，中國版權保護中心在規定的期限內予以受理，並向申請人發出受理通知書及繳費票據；
5、補正程序。申請文件存在缺陷的，申請人應在規定期限內補正，逾期不補正的，申請將被視為撤回，經補正仍不符合登記辦法的，登記機構將不予登記並書面通知申請人；
6、取得登記證書。應當在中國版權保護中心受理之日起20個工作日內，核發計算機軟件著作權登記證，申請人持受理通知書原件到版權版權領取證書。
法律依據：《計算機軟件著作權登記辦法》第九條
申請軟件著作權登記的，應當向中國版權保護中心提交以下材料：
（壹）按要求填寫的軟件著作權登記申請表；
（二）軟件的鑒別材料；
（三）相關的證明文件。