當發生專利或商標侵權行為時，當事人既可以請求行政管理機關處理，也可以通過法院，以訴訟方式解決糾紛。應該說這壹具有中國特色的制度為制止商標與專利侵權行為、切實保護商標專用權與專利權發揮了巨大的作用。因此，這壹制度壹直為我國商標法與專利法所認可。持相反觀點的人認為，行政管理機關作為行政訴訟的被告會有諸多弊端，因此，在這次為迎接入世而對包括商標法、專利法在內的知識產權法的修法活動中，針對理論界爭議較大的關於商標行政管理機關、專利管理機關處理侵權糾紛的問題進行了較大的修改。但現行立法對這壹制度的規定並不是完美無缺，還需進壹步完善。
壹、現行立法及缺陷
從立法的規定可以看出，商標法與專利法對商標管理機關和專利管理機關處理侵權糾紛行為的性質進行了比較明確的界定，並規定了不同的法律效果。
，當發生侵權糾紛時，當事人可以請求管理機關處理，行政管理機關認定侵權行為成立的，可以做出責令停止侵權行為的決定。對於這壹決定，專利法與商標法都明確規定，當事人不服的，有權提起行政訴訟。在行政法領域，行政管理機關的這壹行為被稱為行政裁決，這種行政裁決是行政機關的具體行政行為，做出決定的管理機關要承擔行政訴訟被告責任。
第二，進行處理的行政管理機關根據當事人的請求，可以侵權的賠償數額進行調解；調解不成的，當事人可以提起民事訴訟。行政法學界稱行政機關的這種行為是行政調解。行政調解不同於行政裁決，它不具有強制力，行政機關不必為其調解行為承擔行政訴訟被告責任。
因此，修正後的立法對行政管理機關處理民事侵權糾紛行為的性質問題有了明確交待。然而，由此所產生的下列問題並未完全解決。
，導致法律適用過程中的混亂。當發生侵權糾紛時，假如當事人先向法院起訴要求判令侵權人停止侵權行為，法院經審理，認為不存在侵權事實，遂駁回當事人的起訴或判決其敗訴，則當事人仍有權請求行政機關責令侵權人停止侵權行為。由於實際情況復雜多樣以及辦案人員主觀認識、業務素質的差異，對同壹事件，行政人員很可能做出與法官截然相反的處理結果。反之，如果當事人先請求行政救濟，前述情況也可能會發生。對同壹案件，由相同的實體法調整，卻因由不同的權力機關適用不同的程序解決而產生不同的法律後果，導致法律適用過程中的矛盾。
第二，司法管轄不順。當發生侵權糾紛時，假如當事人選擇行政救濟，知識產權管理機關經審查，認為侵權行為成立的，應當做出決定責令侵權人停止侵權行為，當事人不服的，有權提起行政訴訟。當事人也可以直接選擇民事訴訟途徑請求救濟。按我國現行立法，行政訴訟與民事訴訟的性質截然不同，而二者解決的對象卻是同壹民事糾紛。而且，行政訴訟與民事訴訟通常是在同壹法院的不同審判庭進行的，行政訴訟壹般是請求撤銷行政裁決，民事訴訟則是請求賠償。這很有可能出現壹庭認定不侵權而另壹庭則確定了侵權賠償數額的沖突。
第三，增加案件審理成本，浪費有限的社會資源。由行政機關處理民事侵權爭議，有其好處，即可以在較簡便的程序中，較迅速地制止侵權行為，至少是制止侵權行為的進壹步擴大。但是，按照現行立法，行政管理機關無權賠償數額做出強行規定。行政機關在做出侵權認定後，可以應當事人的申請賠償數額問題進行調解，調解不成或達成調解協議後，壹方又反悔的，受害人要彌補自己的損失必須再向法院起訴，或者受害人預見到雙方不可能協商解決賠償數額問題，又想立刻制止侵權行為，可以同時采用訴訟救濟和行政救濟兩種方式。法院受理後，須按民事訴訟程序調查取證，認定侵權行為成立後，對賠償數額做出裁判。這樣，訴訟程序重復了行政程序中的部分工作，實際上是增加了案件的審理成本，浪費了有限的社會資源。
二、完善現行立法的建議
為解決這些問題，真正發揮管理機關處理民事侵權爭議的作用，筆者認為應從以下幾個方面完善現行立法：
（壹）在初提起訴訟或要求裁決的選擇上作出合理的規定。
可將民事侵權糾紛分為兩類：
首先，通過立法明確規定管理機關處理民事侵權爭議的範圍，確定知識產權管理機關的法定主管原則，排除法院對特定民事侵權爭議的初審管轄權。這類糾紛的範圍必須嚴格限定為與社會公***利益密切聯系，與行政機關行使管理職能息息相關。並且這類糾紛屬於強制管轄，當事人要求處理的，行政機關必須受理；否則，當事人可以行政機關拒絕履行法定職責而提起訴訟。
其次，對其他侵權糾紛，當事人可以在訴訟救濟與行政救濟兩種保護措施之間自由選擇，但是只能擇其壹，選擇了前者不能再選擇後者，反之亦然。如果二者都選擇了，由先受理的機關處理。對這類糾紛的處理，與行政機關的行政管理職能無關，行政機關完全站在中立的立場解決雙方的爭議。因此，當事人不能對行政管理機關提起行政訴訟。
（二）設立專門機構主管行政裁決。
行政裁決機構的專門化是行政裁決存在的基礎條件。沒有專門機構，行政裁決不是流於形式，是裁決難保正確、合理，從而使行政裁決的存在失去意義。在這壹問題上，英國的裁判所制度和美國的行政法官制度都為我們提供了較好的先例。無論是英國裁判所的專家，還是美國的行政法官，都按照‘公平、公正、公開’的原則，獨立地、不偏不依地行使職責。在我國，也應在專利管理機關和工商行政管理機關內部建立相對獨立的機構，完善處理民事爭議的程序，以保障管理機關處理民事爭議的質量。
（三）設立事後防範機制——司法審查
傳統理論告訴我們：民事糾紛這壹平等主體間的爭議，其解決方法是不可以行政權的強制手段來實現的，至少行政權的解決方法不應當是終的救濟途徑，只有司法權力才是終解決民事糾紛的權力。對於行政管理機關具有初審管轄權的案件，不服行政裁決的，可以向法院提起行政訴訟。通常行政訴訟僅審查行政行為的合法性，而在行政裁決中，鑒於行政裁決要解決的民事糾紛原來是法院主管的案件，因此，審理這類行政案件，除審查行政行為的合法性外，還要審查民事糾紛處理的合法性。對不執行生效的行政裁決的，由行政機關申請人民法院強制執行，民事糾紛部分的費用由當事人支付。這是其壹。其二，對於行政管理機關處理的其他侵權案件，當事人如果有證據證明有下列情形的，可以向法院申請撤銷行政裁決：①裁決違反法定程序的；②裁決所依據的證據是偽造的；③工作人員在處理該案時有索賄、受賄、循私舞弊行為的；④適用法律不正確的；⑤當事人隱瞞了足以影響公正裁決的證據的。