胡慶余堂的制藥技藝非常獨特，保存了壹批民間的古方、秘方。企業內身懷絕技、熟練掌握中藥手工技藝的老藥工有的仍然健在，這都是社會的巨大財富。由於現代技術影響、氣候變化、環境汙染以及強勢文化的沖擊等因素，胡慶余堂的傳統受到威脅，有的甚至到了瀕危狀態。為此，胡慶余堂投入了壹定的人力物力，制訂了壹個切實可行的保護計劃。
1987年，胡慶余堂在古建築群內，創辦了我國首家中藥主題博物館。中藥博物館以胡慶余堂古建築為依托，秉“原址保護、原狀陳列”之原則，集中藥起源、陳列展示、手工作坊、營業大廳和保健診療五大部分，展示了大量的中藥傳統制藥器具及上萬種中藥植物、動物、礦物標本，其中堪稱珍品的如7000年前浙江河姆渡文化時期、西漢長沙馬王堆、宋代泉州灣沈船等出土的藥材、被稱為“中藥四寶”的馬寶、狗寶、醜寶、猴寶等。占地面積2700平方米，於1991年開館。
1988年，“胡慶余堂”被國務院列入全國重點文物保護單位。
2002年，“胡慶余堂”榮膺中國馳名商標。
2003年，“胡慶余堂”認定為浙江省首屆知名商號。
2006年，“胡慶余堂”被國家商務部重新認定為“中華老字號”。
2006年5月20日，胡慶余堂中藥文化經國務院批準列入第壹批國家級非物質文化遺產名錄。2007年6月5日，經國家文化部確定，浙江省杭州市的馮根生為該文化遺產項目代表性傳承人，並被列入第壹批國家級非物質文化遺產項目226名代表性傳承人名單。