1.職責不同:商務局是地方政府的常設機構，負責研究、制定和組織實施國內外貿易和國際經濟合作的發展戰略。工商局主要負責市場監督管理和行政執法。
2.工作內容不同:商務局促進區內對外貿易和外商投資，開展貿易促進活動，推動經濟的國際化發展。工商行政管理保護商標專用權，查處商標侵權行為，處理商標糾紛，加強馳名商標的認定和保護。