南京醫藥重視技術進步和自有產品的體系建設。公司是江蘇省企業技術中心，控股的南京同仁堂藥業有限責任公司為市級技術中心，獲得市級技術進步三等獎，主要產品“排石顆粒”、“乳寧顆粒”為省市名牌產品，其質量和技術含量在國內同行業處於領先地位，品牌知名度高。公司旗下的“樂家老鋪”商標2008年被評為江蘇省著名商標。另壹家控股子公司南京生命能科技開發有限公司主要產品厄多司坦、註射用鯊魚肝刺激物質、蔗糖鐵原料藥及註射液、復方@—酮酸原料藥及片劑也獲得多項發明專利，並被列入國家和省重點扶持項目。2008年，公司按照國際先進標準，成立了藥品質量檢測技術服務中心，對所經營的藥品開展質量檢測，並正在申請成為具備正式認證資質的第三方檢測機構，開展對外檢測服務。公司獲國家人事部批準設立“企業博士後工作站”；是ASHP美國醫院藥劑師中國會員以及中國醫藥設備工程協會的發起單位。公司還擁有包括國家認證的1482名藥師、336名執業藥師在內的大批專業技術人才隊伍。