商標是通過商標局進行申請。
版權是通過中國版權保護中心進行登記申請的。
2、保護對象不同
商標權保護的是經過國家商標管理機關核準註冊的商標。
版權保護的是中國版權保護中心登記的作品，而根據《中華人民***和國著作權法》的規定是以作品的完成為著作權產生的標誌而不是發表時，
3、法律生效程序不同
商標權的獲得必須履行商標註冊程序，且實行申請在先原則。《商標法》規定，經商標局核準註冊的商標為註冊商標，商標註冊人享有商標專用權，受法律保護。
版權壹般自動產生，不需要經過某些特別程序，《著作權法》規定，我國的公民和法人以及非法人組織是以作品的完成為著作權產生的標誌。由於完成時間難以確定，因此申請人可以依照法律的規定，向版權登記機關申請，將作品及其權刊登載於登記簿，也就是我們所說版權登記。
4、保護期限不同
商標的期限為10年，超過了10年需要申請續展。
自然人的軟件著作權，保護期為自然人終生及其死亡後50年;法人或者其他組織的軟件著作權，保護期為軟件首次發表之後50年，但軟件自開發完成之日起50年內未發表的，不再保護。