1、管理問題：娃哈哈采取了總經理負責制，這種高度扁平化的管理結構雖然有助於提高決策效率，但也存在潛在風險，如缺乏有效的監督和制衡機制。2022年，娃哈哈因官網展示的中國示意性地圖不完整被罰款5萬元，這反映出公司內控存在問題。
3、商業糾紛：娃哈哈旗下的小藍罐飲料被卷入了壹場商業風波。20多家經銷商聲稱支付了款項但未收到貨物，涉及金額數百萬。娃哈哈迅速澄清，指出小藍罐飲料並非娃哈哈公司產品，而是宗盛科技公司產品，娃哈哈僅授權使用其貼牌商標，並督促相關方妥善解決糾紛。