洪武二十四年(1391)旨諭禁私出符篆，賜龍虎山天師正壹玄壇印，以俾關防符，鎮護名山(見《皇明恩命世錄》)。建文時，壹度受貶，遂於鄉裏黃箬峰下 (今龍虎山東南十裏處)構峴泉精舍居之。
明成祖朱棣即位，入賀至闕，賜以緡錢修葺大上清宮。永樂四年(1406)敕諭編修道書，命早完進來，以通類刊板。五年曾三次建齋篆於朝，帝有器物厚賜，並給驛券還山。六年、七年，兩次奉諭往武當山(今湖北均縣)尋訪張三豐。永樂八年羽化。藏蛻於峴泉。
耆山公誌於文二十余，博通諸子之學。認為文之正氣乃三光五嶽之靈，“發而為文，文所以載道也，文著而後道明”。著作遺世者有《峴泉集》十二卷(見《道藏》，《四庫全書》錄為四卷)，《道門十規》，《元始無量度人上品妙經通義》四卷，及詩文序論等文章，為方內方外之士所敬重。並擅畫墨竹，精於蘭蕙，兼長山水。曾畫《秋林平遠圖》，洪武三十壹年(1398)所畫的《夏林清隱圖》軸傳世，現存日本。
永樂八年羽化。
史籍記載張宇初自幼喜讀書，除熟諳其世傳的符齋醮術外兼博攬眾家之長，尤善於詞墨，為當時名人雅士所重。蘇伯衡稱其“形峻而學廣，靈仙飛化之變”，梵祝禳祈之靈異。“ 儒經釋典……諸子百家，多所涉獵… …”宋濂亦贊曰：“穎悟有文學， 人稱為列仙之儒”。“… …國初名僧輩出，而道家之有文者獨宇初壹人……”。
張宇初於明洪武十年(公元1377)嗣教，為第四十三代天師。十壹年入朝，十三年敕受“正壹嗣教道合無為闡祖光範大真人”，領道教事。十六年命建玉大醮於紫金山。十八年命其祈雨於神樂觀，即刻應驗。二十二年奏準降敕重建龍虎山大上清宮。二十四年受賜“正壹玄壇之印”。建文(公元1399-1402)中，居鄉咨肆不法，被撤印誥。成祖即位詔令復職。永樂元年(公元1403)命其陪祀天壇。四年,命其編修《道藏》,五年命就朝天宮建玉大齋。六年（1409）七年（1410）,曾兩度受命尋訪張三豐，皆無結果。羽化後由下任天師續編《道藏》。
學術理論以貴虛為主論
天師道經過宋元的發展，到明代已極為興盛，上自四十二代天師張正常，下迄五十代真君張國祥以至明亡，歷代天師皆救授為正壹教主大真人，領道教事。視秩正二品，設贊教、掌書等佐理之官，家世與孔子並傳，得到明王朝的特殊禮遇。但這種形式上的興盛更需要思想理論做根基，繼承和闡揚道教義理，這內在的精神則顯得更十分重要。四十三代真君省山公張宇初，就是這內在精神的陶鑄者。他在編修道藏之余，撰定了《道門十規》，以規訓道流。主張以文彰道，平生論著雜文甚多，指出“文可以載道，文著而後道明”。有《現泉集》十二卷傳世，提出了以“虛”為主體和道理融壹的哲學思想。王紳在《序》中稱其所著《沖道》《慎本》諸篇，.“非惟有功於玄教，其於世教有裨焉”。
耆山公發揮《老子》“道沖，而用或不盈，淵兮似萬物之宗”(第四章)的哲學思想，作《沖道》篇，吸取列、莊惟道集虛的思想，通過對“虛”與“實”的認識，得出“非虛則物不能變化周流’陽動靜為用的的貴虛道論。提出以太虛為體、陰哲學思想·。((泉集·沖道》篇(下只引篇名)說:“夫天地之大，以太虛為體。而萬物生生化化於兩間而不息者，壹陰壹陽動靜往來而已矣。”
因為天地之體是虛空的，寥漠無際，所以通過陰陽動靜的作用，便有了宇宙萬物的生化。而蘊藏在太虛之中，使萬事萬物生化不息的主宰者。就是“道”，也就是“理”。譽山公說:“非道之大，理之精，其能宰乎至神至妙之機乎。”(《沖道》)認為“凡寒暑之變，晝夜之殊。天之運而不息者，昭而日星，威而雷霆，潤而風雨霜露;地之運而不息者，峙而山嶽，流而江海，蕃而草木鳥獸。壹皆囿於至虛之中，而不可測其幽微神妙者，所謂道也，理也。”然而，萬物的生化消息，雖是由於陰陽動靜的作用，但皆自“氣”而生，“氣”才是陰陽變化的實質。他在《生神章·序》中說:“萬物皆自壹氣而生，氣分而太極判，兩儀、四象、五行各位乎氣之中，由五行之氣布而萬匯生，生之無窮。”這就歸復《莊子》、《管子》、《韓非子》以理釋道的說法。由此而形成以道為主，太虛為體，氣為質，陰陽五行為用的哲學思想體系，代表了當時的道教哲學思想。
耆山公的這個哲學思想，本身就是建立在道家道教學說基礎上的。自然要應用到道教修道養生中去。他提出“天性人心其理壹”，認為天地有壹太極，心亦為太極。而且物物皆具是性。從而將道性過渡到人性。他在《太極釋》中說:“性秉於命，理具於性，心統之之謂道。道之體曰極。”既然，心亦是壹太極，理亦具之，那麽道以虛為體而可生化含養萬物，而修道之士若能體道致虛，虛心不要為物滯塞，則“萬有皆備於是矣”。進壹步闡發了虛靖先生的心性學說。提出了“致虛為宗”的教義。認為只有“知致虛則明，明則凈，凈則通，通則神，神則不疾而速，不行而至。無不應、無不達矣。”(《沖道》)致虛即是通神達道的玄機。
對於修道者來說，致虛首先必須修心，使"L”不被物雜，感物不動，無思慮塵欲，虛明純壹，則性命之道備矣。性命之道的煉養方法，既要註重心性的修養，又要重視命功修煉，養神與煉氣二者是相輔相成的。
香山公嘗在《問玄》篇中說:“善言仙者，止曰無視無聽，抱神以靜。是以忘形以養氣，忘氣以養神，忘神以養虛。”主張修道者不要“溺於金石草木，雲霞補導之術”。當“明乎身心神燕，自然之理。”(《還真集序》)對內丹之道的煉養，認為當以“神室為丹之樞扭，日魂月魄為真鉛真汞也。陽升陰降不離子午之方。”如此若能“會二五之精，凝九壹之氣。養之內曰丹，施之外曰法。”(《問玄》)內丹外法同樣都要明其事理，內養以成金丹，以成仙壽。秉內修之功，施之於外，則諸法方可起妙用。
在這個方面，表現了與虛靖先生基本相似的態度，實現了向黃老列莊歸復的特點。
其道教學說
1、申明道統源流，上攀先秦道家。其《道門十規》開首即言：“雖有道經三寶之分，而始自太上授道德五千言於關尹。”意味著他堅決以老子為道教宗源。並且，他還在《道門十規》中分列兩種他頗有微詞的道教發展過程，即：“若文成五利之以金石草木徒殺身取禍，遂世稱方術”；以及“外而施之，則有禱祈祠祝之事，自寇杜葛陸之徒，其說方盛”。他指出：“然二者太上之初所未彰顯”。因此，他認為，以“金石草木徒殺身取禍、世稱方術”的，和“寇杜葛陸之徒”所盛行的“禱祈祠祝之事”，都並非正道，都“去太上立教之本、虛無清靜、無為不言之妙，日遠矣”。
2、內煉為本、性命雙修。《道門十規》中，他規誡各派道士都應該以“真功”為基本，註重內煉修丹，他在其他詩文著作中，也多涉及內丹方面的內容。他明確指出“坐圜守靜為入道之本”。他還痛斥當時流行的采戰禦女之術，稱“必喪身亡命而後已”。強調必須性命雙修，反對單修性而沈空滯寂。
3、內煉為本的齋醮道法。張宇初強調內煉為外法之本，壹切齋醮祭煉、各派雷法，均須“明性命根宗，累積真功實行”。如超度靈魂，必須要自己先內煉成丹，然後以己之真陽點化鬼魂的靈魄（見《道門十規》）；如施道行法，必須要“性天道法”“心地雷霆”，然後才能“靜則金丹，動則雷霆”，達到祈雨求晴，誅妖降魔，禳災去兇等目的。（見《峴泉集》）
4、繼承天師道風，清整戒律清規。張宇初提倡天師道初期的遺風，強調道士必須嚴格遵守戒律清規，也將全真道初期踐行的艱苦儉樸風氣推廣到道教各派，包括正壹道。《道門十規》中嚴厲規誡道士：“至若趙歸真、林靈素之徒，偶為世主之所崇敬，即為富貴所驕，有失君臣之分，過設誇誕之辭，不以慈儉自守，亦取議當時後世多矣，是切為後誡！”
作品有《峴泉集》十二卷，《道門十戒》壹卷，《元始無量度人上品妙經通義》 四卷，輯錄其祖《三十代天師虛靖真君語錄》七卷等 。