黃梅縣地勢北高南低,呈三級斜坡。北部的山脈屬於大別山,中部是丘陵和山脊,南部是湖泊,南部是濱湖沈積平原和沿河沖積平原。平原和湖泊占該縣總面積的78%。
黃梅縣屬亞熱帶季風氣候,全年溫暖,年降水量1270 mm,年平均氣溫16.8℃。境內氣候具有明顯的過渡性特征,主要表現為季風明顯,氣候溫和,雨量適中,日照充足,無霜期長,四季分明,春季氣溫多變,夏季雨水集中,秋季涼爽,冬季漫長幹燥。
黃梅縣水域遼闊,河流湖泊水庫眾多,池塘密布。有河流34條,湖泊29個,大、中、小型水庫24座,長江航道59.2公裏。全縣可利用水力資源裝機容量2萬千瓦。