中國綠色食品協會負責制定綠色生資標誌使用管理規則，組織開展標誌使用許可的審核、領證和證後監督等管理工作。省級綠色食品工作機構負責受理所轄區域內使用綠色生資標誌的申請、現場檢查、材料審核和監督管理工作。
申請人應當具備以下資質條件：
1、能夠獨立承擔民事責任；
2、具有穩定的生產場所及廠房設備等必要的生產條件，或依法委托其他企業生產綠色生資申請產品；
3、具有綠色生資生產的環境條件和技術條件；
4、具有完善的質量管理體系，並至少穩定運營壹年；
5、具有與生產規模相適應的生產技術人員和質量控制人員。
申請綠色食品認證標誌的流程：
1、申請人填寫《綠色食品標誌使用申請書》，壹式兩份（含附報材料），報所在省（自治區、直轄市、計劃單列市）綠色食品管理部門。
2、省綠色食品管理部門委托通過省級以上計量認證的環境保護監測機構，對該項產品或產品原料的產地進行環境評價。
3、省綠色食品管理部門對申請材料進行初審，並將初審合格的材料報中國綠色食品發展中心。
4、中國綠色食品發展中心會同權威的環境保護機構，對上述材料進行審核。合格的，由中國綠色食品發展中心指定的食品監測機構對其申報產品進行抽樣，並依據綠色食品質量和衛生標準進行檢測；對不合格的，當年不再受理其申請。
5、中國綠色食品發展中心對質量和衛生檢測合格的產品進行綜合審查（含實地核查），並與符合條件的申請人簽訂“綠色食品標誌使用協議”：由農業部頒發綠色食品標誌使用證書及編號；報國家工商行政管理局商標局備案，同時公告於眾。
申請使用綠色生資標誌的產品（以下簡稱用標產品）必須同時符合下列條件：
1、經國家法定部門許可；
2、質量符合企業明示的執行標準（包括相關的國家、行業、地方標準及備案的企業標準），符合綠色食品投入品使用準則，不造成使用對象產生和積累有害物質，不影響人體健康；
3、有利於保護或促進使用對象的生長，或有利於保護或提高使用對象的品質；
4、在合理使用的條件下，對生態環境無不良影響；
5、非轉基因產品和以非轉基因原料加工的產品。
法律依據：《綠色食品標誌管理辦法 》第二十二條
在證書有效期內，標誌使用人的單位名稱、產品名稱、產品商標等發生變化的，應當經省級工作機構審核後向中國綠色食品發展中心申請辦理變更手續。
產地環境、生產技術等條件發生變化，導致產品不再符合綠色食品標準要求的，標誌使用人應當立即停止標誌使用，並通過省級工作機構向中國綠色食品發展中心報告。