申請人填寫並向所在省綠色辦提交《綠色食品標誌使用申請書》、《企業和生產情況調查表》及以下材料:保證執行綠色食品標準和規範的聲明、生產操作規程(種植規程、養殖規程、加工規程)、公司“基地+農戶”質量控制體系(包括合同、基地圖、基地和農戶名單、管理制度)、產品執行標準、產品註冊。(2)省級綠色受理和文獻審查辦公室收到上述申請材料後，進行登記和編號，在5個工作日內完成對申請材料的審查，向申請人出具文獻審查意見通知書，並抄送中央認證辦。(3)按照《綠色食品檢查員工作手冊(試行)》和《綠色食品產地環境質量調查技術規範(試行)》規定的相關項目逐項進行現場檢查和產品抽樣。
現場檢驗合格的，可以安排產品抽樣。申請人提供近壹年綠色食品指定產品監測機構出具的產品質量檢驗報告，並經檢驗員確認符合綠色食品產品檢驗項目和質量要求的，免於產品抽樣檢驗。(四)環境監測綠色食品產地環境質量現狀調查由檢查員在現場檢查時同步完成。經調查，確認產地環境質量符合《綠色食品產地環境質量狀況調查技術規範》規定的豁免條件，免於環境監測。(五)產品檢測綠色食品指定產品監測機構在收到樣品、產品執行標準、綠色食品產品抽樣單和檢測費後20個工作日內完成檢測，並出具產品檢測報告，連同填寫好的綠色食品產品檢測表，報送中央認證辦，同時抄送省級綠色辦。(6)認證審核省級綠辦在收到督察員現場檢查評價報告和環境質量狀況調查報告後，在3個工作日內簽署審查意見，並將認證申請材料、督察員現場檢查評價報告、環境質量狀況調查報告和省級綠辦綠色食品認證表等材料報送中央認證辦。
中心認證辦公室組織審查員和有關專家對上述材料進行審查，並在20個工作日內作出審核結論。審核結論為“合格”或“不合格”的，中央認證辦將向綠色食品評審委員會提交認證材料和認證審核意見。(7)認證評審的最終結論分為合格認證和不合格認證兩種情況。(8)認證中心將在5個工作日內向“認證合格”申請人發送認證相關文件，並抄送省綠辦。申請人應在60個工作日內與中心簽訂綠色食品標誌和商標使用許可合同，由中心主任出具證明。