（1）認證申請。申請人向中國綠色食品發展中心（以下簡稱中心）及其所在省（自治區、直轄市）綠色食品辦公室、綠色食品發展中心（以下簡稱省綠辦）領取《綠色食品標誌使用申請書》、《企業及生產情況調查表》及有關資料，或從中心網站下載。申請人填寫並向所在省綠辦遞交《綠色食品標誌使用申請書》、《企業及生產情況調查表》及以下材料：保證執行綠色食品標準和規範的聲明，生產操作規程（種植規程、養殖規程、加工規程），對“基地+農戶”的質量控制體系（包括合同、基地圖、基地和農戶清單、管理制度），產品執行標準，產品註冊商標文本（復印件），營業執照（復印件），企業質量管理手冊，要求提供的其他材料（通過體系認證的，附證書復印件）。
（2）受理及文審。省綠辦收到上述申請材料後，進行登記、編號，5個工作日內完成對申請認證材料的審查工作，並向申請人發出《文審意見通知單》，同時抄送中心認證處。申請認證材料不齊全的，要求申請人收到《文審意見通知單》後10個工作日提交補充材料。申請認證材料不合格的，通知申請人本生長周期不再受理其申請。申請認證材料合格的，執行下壹程序。
（3）現場檢查、產品抽樣。省綠辦應在《文審意見通知單》中明確現場檢查計劃，並在計劃得到申請人確認後委派2名或2名以上檢查員進行現場檢查。檢查員根據《綠色食品檢查員工作手冊》（試行）和《綠色食品產地環境質量現狀調查技術規範》（試行）中規定的有關項目進行逐項檢查。每位檢查員單獨填寫現場檢查表和檢查意見。現場檢查和環境質量現狀調查工作在5個工作日內完成，完成後5個工作日內向省綠辦遞交現場檢查評估報告和環境質量現狀調查報告及有關調查資料。現場檢查合格，可以安排產品抽樣。凡申請人提供了近壹年內綠色食品定點產品監測機構出具的產品質量檢測報告，並經檢查員確認，符合綠色食品產品檢測項目和質量要求的，免產品抽樣檢測。現場檢查合格，需要抽樣檢測的產品安排產品抽樣。
（4）環境監測。綠色食品產地環境質量現狀調查由檢查員在現場檢查時同步完成。經調查確認，產地環境質量符合《綠色食品產地環境質量現狀調查技術規範》規定的免測條件，免做環境監測。根據《綠色食品產地環境質量現狀調查技術規範》的有關規定，經調查確認，有必要進行環境監測的，省綠辦自收到調查報告2個工作日內以書面形式通知綠色食品定點環境監測機構進行環境監測，同時將通知單抄送中心認證處。定點環境監測機構收到通知單後，40個工作日內出具環境監測報告，連同填寫的《綠色食品環境監測情況表》，直接報送中心認證處，同時抄送省綠辦。
（5）產品檢測。綠色食品定點產品監測機構自收到樣品、產品執行標準、《綠色食品產品抽樣單》、檢測費後，20個工作日內完成檢測工作，出具產品檢測報告，連同填寫的《綠色食品產品檢測情況表》，報送中心認證處，同時抄送省綠辦。
（6）認證審核。省綠辦收到檢查員現場檢查評估報告和環境質量現狀調查報告後，3個工作日內簽署審查意見，並將認證申請材料、檢查員現場檢查評估報告、環境質量現狀調查報告及《省綠辦綠色食品認證情況表》等材料報送中心認證處。中心認證處收到省綠辦報送材料、環境監測報告、產品檢測報告及申請人直接寄送的《申請綠色食品認證基本情況調查表》後，進行登記、編號，在確認收到最後壹份材料後2個工作日內下發受理通知書，書面通知申請人，並抄送省綠辦。中心認證處組織審查人員及有關專家對上述材料進行審核，20個工作日內做出審核結論。審核結論為“有疑問，需現場檢查”的，中心認證處在2個工作日內完成現場檢查計劃，書面通知申請人，並抄送省綠辦。得到申請人確認後，5個工作日內派檢查員再次進行現場檢查。審核結論為“材料不完整或需要補充說明”的，中心認證處向申請人發送《綠色食品認證審核通知單》，同時抄送省綠辦。申請人需在20個工作日內將補充材料報送中心認證處，並抄送省綠辦。審核結論為“合格”或“不合格”的，中心認證處將認證材料、認證審核意見報送綠色食品評審委員會。
（7）認證評審。綠色食品評審委員會自收到認證材料、認證處審核意見後10個工作日內進行全面評審，並做出認證終審結論。認證終審結論分為兩種情況：認證合格或認證不合格。結論為“認證合格”，執行下壹程序。結論為“認證不合格”，評審委員會秘書處在做出終審結論2個工作日內，將《認證結論通知單》發送申請人，並抄送省綠辦。本生產周期不再受理其申請。
（8）頒證。中心在5個工作日內將辦證的有關文件寄送“認證合格”申請人，並抄送省綠辦。申請人在60個工作日內與中心簽訂《綠色食品標誌商標使用許可合同》。中心主任簽發證書。