海關對企業調研顯示，跨境電商出口包裹退貨比例約5%，其中紡織、服裝部分品類商品退貨比例超過10%，海外倉也出現壹定程度的商品滯銷問題。
跨境電商出口企業在綜合考慮商品價值、退運物流成本、入境稅收成本等因素後，往往選擇境外打折處理、棄貨等方式處理出口滯銷或退貨商品，無疑會增加企業運營成本，影響企業擴大出口的動力，制約跨境電商發展。
有鑒於此，壹方面，應加快落實跨境電商出口退貨便利化海關監管政策，著力解決跨境電商出口商品“退貨難”“退貨貴”問題；另壹方面，加大力量推出適應市場變化的定制化保險——如某跨境退貨險就承諾，無論是東南亞貨到付款，還是歐盟收貨繳稅情況導致的境外消費者取消訂單或退貨，投保出口企業均可獲得“跨境退貨險”的即時理賠。
跨境電商海外倉經營風險
作為外貿商家降本增效的新業態，海外倉不僅是豐富跨境商品品類、提升中國品牌出海競爭力的“利器”，也成為跨境商家新冠肺炎疫情期間的“生意救星”。截至2019年年底，我國跨境電商海外倉已達1200余個。而隨著跨境電商B2B出口海外倉模式的推出和發展，我國跨境電商海外倉將迎來新壹波增長，但隨著數量的增加、規模的擴大，海外倉競爭壓力和經營風險也將可能進壹步加大。
1國別政策法規風險
例如，在經營形式、倉庫面積、是否可以開展分拆、重新包裝、貼標、稅務處理、知識產權保護等方面，進口目標國海關可能會有不同的法規規定和監管要求。
2經營與資金壓力
例如，土地租賃、倉庫建設、倉庫租賃、倉庫維護、人力成本、雜費等前期投入大、盈利周期長、爆倉風險、錯發/漏發/誤錄導致盤盈或盤虧、規模效應缺乏、進出倉清關風險等情況。
3庫存滯銷風險
業界統計結果表明，對於庫存滯銷商品，約70%的跨境電商企業選擇低價銷售、19%企業選擇銷毀、11%企業選擇其他方式，但都會降低海外倉經營收入和盈利能力，加大海外倉經營風險。
因此，建議跨境電商企業在開展海外倉業務時，應註重風險預測和防範。
1制定靈活的海外倉經營模式，推動風險轉移機制多樣化。例如，通過政府與社會資本合作、銀行借款、證券融資等多渠道融資；充分利用轉移價格和靈活支付制度，以規避匯率風險；運營虛擬海外倉，降低前期投入壓力。
2采用新型合作模式，提高風險防範能力。例如，積極推進海外倉從代收/發貨的初級模式向多功能的“壹站式”物流中轉中心轉變；探索“物流專線＋邊境倉＋海外倉”“物流專線＋海外倉”“跨境電商平臺＋外貿綜合服務＋海外倉”等混合式運用模式；借鑒如亞馬遜物流服務模式，積極拓展退換貨、轉倉、貼標、換標、產品檢測、分箱、代繳關稅保險等綜合性多功能服務。
3積極構建智能海外倉系統，降低錯發、漏發風險；優化財務系統，以便利庫存盤點和比對，及時發現和處理盤盈風險。
跨境電商出口海外稅收風險
隨著全球跨境電商的蓬勃發展，跨境電商征稅議題成為全球關註熱點，越來越多的國家或地區加強跨境電商稅收監管，並探索和實踐跨境電商征稅模式和路徑。
英國法律明確規定，所有在線銷售商品均須繳納增值稅，壹般標準稅率達17.5%，優惠稅率5%。
俄羅斯聯邦海關總署2017年第1861號令規定，自2018年7月1日起，所有郵寄包裹須提供收貨人的個人納稅號及購物網址鏈接，以檢查免稅進口商品是否超額，否則包裹將退回給發貨人。
日本要求超過1000萬日元的跨境電商在國內作書面登記，並委任稅務代理人作代理單位。
2019年3月21日，泰國新電商稅收法案正式生效，滿足條件的業務經營者需繳納稅款。
2019年5月底，土耳其開始對電商產品以及其他郵寄物品征收高達20%的進口關稅，並將進口貨物的價值上限定為500歐元。
2020年1月1日起，印度尼西亞將跨境電商商品進口稅起征數額由每日75美元大幅調低到3美元。
自2021年1月1日起，歐盟執行針對跨境電商商品貿易的增值稅規範化新法案，其主要措施包括：將“壹站式”征稅制度擴大到歐盟內部和非歐盟國家賣往歐盟的遠程銷售活動、取消從非歐盟國家進口到歐盟的低價商品進口增值稅豁免政策——在歐盟增值稅改革中，常規價格區間的產品，無論是在海外倉還是歐盟之外直發，壹律均須繳納進口增值稅；當貨物銷售後，商家可退回增值稅，再按銷售額繳納相應的銷售稅。
隨著監管趨嚴，欲開拓歐洲市場的跨境電商企業增值稅合規的重要性愈發凸顯；在新冠肺炎疫情當下，相關各國或地區的稅收政策也加快調整，跨境電商企業需關註各國增值稅政策的變化，為新冠肺炎疫情後的市場復蘇做好準備。
跨境電商違規承擔主體較廣的風險
與傳統的壹般貿易相比，跨境電商貿易行業鏈條較長，參與者較多，包括第三方運營平臺、物流公司、支付公司、軟件開發者、多個層級的供應鏈公司等。
《關於跨境電子商務零售進出口商品有關監管事宜的公告》要求，平臺企業、支付企業、物流企業等應在海關辦理註冊登記，首次把上述企業納入海關管理相對人的範疇。此外，海關有權對參與制造或傳輸虛假交易、支付、物流“三單”信息、為二次銷售提供便利、未盡責審核消費者身份信息真實性等，導致出現個人身份信息或年度購買額度被盜用、進行二次銷售及其他違反海關監管規定情況的企業依法進行處罰；對涉嫌走私或違規的，由海關依法處理；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
可見，在跨境電商進出口中，保證申報信息的真實，不再只是貨主和報關代理公司的事。除電商公司外，其他環節的參與者也可能構成走私犯罪的主體，如貨主、境外買手、通關公司、跨境電商平臺開發者等。因此，在保證“三單”真實方面，上下遊環節的企業會承擔更多的責任和義務，同時也意味著會面臨更大的法律風險，應予以更多的警惕和註意。
跨境電商支付風險
在跨境電商的資金收付流程中，相較於境內支付而言，涉及更多的監管法規，如《中華人民***和國反洗錢法》《中華人民***和國外匯管理條例》《貨物貿易外匯管理指引》等。
因此，跨境電商企業應選擇具有《支付業務許可證》的合格第三方支付機構進行資金收付和結售匯，並確保資金收付和結售匯行為符合《支付機構跨境電子商務外匯支付業務試點指導意見》等法律法規的要求，並嚴格遵守國家在外匯管理方面的其他法律法規，以實現合法合規經營。
跨境電商知識產權合規風險
隨著創新、知識成為經濟發展的重要推動力，各國都紛紛加強知識產權保護，知識產權糾紛成為國際經貿爭端的重要內容和領域。
例如，歐盟高度關註國際貿易中的知識產權問題。經合組織與歐盟知識產權局發布的“假冒和盜版貨物貿易趨勢”報告，以及歐盟海關知識產權執法報告在國際上有較大影響。歐盟認為，全球侵權假冒貿易數量仍在增長，已從2005年2000億美元升到2019年5000億美元，占全球貿易額比重達3.3%；其中，通過跨境電商快遞、鐵路、公路運輸等渠道的案件出現大幅度增長；而在歐盟海關預警系統中，中國商品位列“高風險”級別。
又如，2019年年底，中國貿促會知識產權服務中心開展的壹項覆蓋全國的社會調查得出的結論就包括：電商平臺成為侵權假冒商品重災區。而電子商務侵權與網絡盜版嚴重，也與商標惡意註冊或仿冒屢禁不絕、專利糾紛解決和市場準入便利化尚需提高、商業秘密保護的法規制度仍需完善、司法和執法懲罰力度要進壹步加強等，並列我國知識產權保護亟待解決的“熱焦難”問題。