壹、增值稅
（壹）進項稅額
1.用於抵扣進項稅額的增值稅專用發票是否真實合法：是否有開票單位與收款單位不壹致或票面所記載貨物與實際入庫貨物不壹致的發票用於抵扣。
2.用於抵扣進項稅額的運輸業發票是否真實合法：是否有用於非增值稅應稅項目、免征增值稅項目、集體福利和個人消費、非正常損失的貨物（勞務）、非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物（勞務）所發生的運費抵扣進項；是否有與購進和銷售貨物無關的運費申報抵扣進項稅額；是否有以國際貨物運輸代理業發票和國際貨物運輸發票抵扣進項；是否存在以開票方與承運方不壹致的運輸發票抵扣進項；是否存在以項目填寫不齊全的運輸發票抵扣進項稅額等情況。
3.是否存在未按規定開具農產品收購統壹發票申報抵扣進項稅額的情況。具體包括：擴大農產品範圍，把非免稅農產品（如方木、枕木、道木、鋸材等）開具成免稅農產品（如原木）；虛開農產品收購統壹發票（虛開數量、單價，抵扣稅款）。
4.用於抵扣進項稅額的廢舊物資發票是否真實合法。
5.用於抵扣進項稅額的海關進口增值稅專用繳款書是否真實合法；進口貨物品種、數量等與實際生產是否相匹配。
6.發生退貨或取得銷售折讓是否按規定作進項稅額轉出。
7.用於非增值稅應稅項目、免征增值稅項目、集體福利和個人消費、非正常損失的貨物（勞務）、非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物（勞務）是否按規定作進項稅額轉出。
8.是否存在將返利掛入其他應付款、其他應收款等往來賬或沖減營業費用，而不作進項稅額轉出的情況。
（二）銷項稅額
1.銷售收入是否完整及時入賬：是否存在以貨易貨、以貨抵債收入未記收入的情況；是否存在銷售產品不開發票，取得的收入不按規定入賬的情況；是否存在銷售收入長期掛賬不轉收入的情況；是否收取外單位或個人水、電、汽等費用，不計、少計收入或沖減費用；是否將應收取的銷售款項，先支付費用（如購貨方的回扣、推銷獎、營業費用、委托代銷商品的手續費等），再將余款入賬作收入的情況。
2.是否存在視同銷售行為、未按規定計提銷項稅額的情況：將自產或委托加工的貨物用於非增值稅應稅項目、集體福利或個人消費，如用於內設的食堂、賓館、醫院、托兒所、學校、俱樂部、家屬社區等部門，不計或少計應稅收入；將自產、委托加工或購買的貨物用於投資、分配、無償捐助、贈送及將外購的材料改變用途對外銷售等，不計或少計應稅收入。
3.是否存在開具不符合規定的紅字發票沖減應稅收入的情況：發生銷貨退回、銷售折讓，開具的紅字發票和賬務處理是否符合稅法規定。
4.向購貨方收取的各種價外費用（例如手續費、補貼、集資費、返還利潤、獎勵費、違約金、運輸裝卸費等等）是否按規定納稅。
5.設有兩個以上的機構並實行統壹核算的納稅人，將貨物從壹個機構移送到其他機構（不在同壹縣市）用於銷售，是否作銷售處理。
6.對逾期未收回的包裝物押金是否按規定計提銷項稅額。
7.是否有應繳納增值稅項目的業務按營業稅繳納。
8.增值稅混合銷售行為是否依法納稅：對增值稅稅法規定應視同銷售征稅的行為是否按規定納稅；從事貨物運輸業務的單位和個人，發生銷售貨物並負責運輸所售貨物的混合銷售行為，是否按規定繳納增值稅。
9.兼營非增值稅應稅項目的納稅人，是否按規定分別核算貨物或應稅勞務和非增值稅應稅項目的銷售額；對不分別核算或者不能準確核算的，是否按主管稅務機關核定的貨物或者應稅勞務的銷售額繳納增值稅。
10.按照增值稅稅法規定應征收增值稅的代購貨物、代理進口貨物的行為，是否繳納了增值稅。
11.免稅貨物是否依法核算：增值稅納稅人免征增值稅的貨物或應稅勞務，是否符合稅法的有關規定；有無擅自擴大免稅範圍的問題；兼營免稅項目的增值稅壹般納稅人，其免稅額、不予抵扣的進項稅額計算是否準確。
二、企業所得稅
各項應稅收入是否全部按稅法規定繳稅，各項成本費用是否按照所得稅稅前扣除辦法的規定稅前列支。具體項目應至少涵蓋以下問題：
（壹）收入方面
1.企業資產評估增值是否並入應納稅所得額。
2.企業從境外被投資企業取得的所得是否並入當期應納稅所得稅計稅。
3.持有上市公司的非流通股份（限售股），在解禁之後出售股份取得的收入是否計入應納稅所得額。
4.企業取得的各種收入是否存在未按權責發生制原則確認計稅問題。
5.是否存在利用往來賬戶、中間科目如“預提費用”等延遲實現應稅收入或調整企業利潤；收取的授權生產、商標權使用費等收入是否計入應納稅所得額。
6.取得非貨幣性資產收益是否計入應納稅所得額。
7.是否存在視同銷售行為未作納稅調整。
8.是否存在各種減免流轉稅及各項補貼、收到政府獎勵，未按規定計入應納稅所得額。
9.是否存在接受捐贈的貨幣及非貨幣資產，未計入應納稅所得額。
10.是否存在企業分回的投資收益，未按地區稅率差補繳企業所得稅。
（二）成本費用方面
1.是否存在利用虛開發票或虛列人工費等虛增成本。
2.是否存在使用不符合稅法規定的發票及憑證，列支成本費用。
3.是否存在不予列支的“返利”行為，如接受本企業以外的經銷單位發票報銷進行貨幣形式的返利並在成本中列支等。
4.是否存在不予列支的應由其他納稅人負擔的費用。
5.是否存在將資本性支出壹次計入成本費用：在成本費用中壹次性列支達到固定資產標準的物品未作納稅調整；達到無形資產標準的管理系統軟件，在營業費用中壹次性列支，未進行納稅調整。
6.企業發生的工資、薪金支出是否符合稅法規定的工資薪金範圍、是否符合合理性原則、是否在申報扣除年度實際發放。
7.是否存在計提的職工福利費、工會經費和職工教育經費超過計稅標準，未進行納稅調整。
8.是否存在超標準、超範圍為職工支付社會保險費和住房公積金，未進行納稅調整。是否存在應由基建工程、專項工程承擔的社會保險等費用未予資本化；是否存在只提不繳納、多提少繳虛列成本費用等問題。
9.是否存在擅自改變成本計價方法，調節利潤。
10.是否存在未按稅法規定年限計提折舊；隨意變更固定資產凈殘值和折舊年限；不按稅法規定折舊方法計提折舊等問題。
11.是否存在超標準列支業務招待費、廣告費和業務宣傳費未進行納稅調整等問題。
12.是否存在擅自擴大研究開發費用的列支範圍，違規加計扣除等問題。
13.是否存在扣除不符合國務院財政、稅務部門規定的各項資產減值準備、風險準備金等支出。
14.是否存在從非金融機構借款利息支出超過按照金融機構同期貸款利率計算的數額，未進行納稅調整；是否存在應予資本化的利息支出；關聯方利息支出是否符合規定。
15.是否存在已作損失處理的資產部分或全部收回的，未作納稅調整；是否存在自然災害或意外事故損失有補償的部分，未作納稅調整。
16.手續費及傭金支出扣除是否符合規定：是否將回扣、提成、返利、進場費等計入手續費及傭金支出；收取對象是否是具有合法經營資格的中介機構及個人；稅前扣除比例是否超過稅法規定。
17.是否存在不符合條件或超過標準的公益救濟性捐贈，未進行納稅調整。
18.子公司向母公司支付的管理性的服務費是否符合規定：是否以合同（或協議）形式明確了服務內容、收費標準及金額；母公司是否提供了相應服務；子公司是否實際支付費用。
19.是否以融資租賃方式租入固定資產，視同經營性租賃，多攤費用，未作納稅調整。
20.是否按照國家規定提取用於環境保護、生態恢復的專項資金；專項資金改變用途後，是否進行納稅調整。
（三）關聯交易方面
是否存在與其關聯企業之間的業務往來，不按照獨立企業之間的業務往來收取或者支付價款、費用而減少應納稅所得額和應納企業所得稅的情況。
（四）扣繳預提所得稅
境內企業向境外投資股東分配股利，是否按規定代扣代繳預提所得稅。
三、個人所得稅
重點檢查以各種形式向個人支付的應稅收入是否依法扣繳個人所得稅：
（壹）為職工發放的年金、績效獎金。
（二）為職工購買的各種商業保險。
（三）超標準為職工支付的養老、失業和醫療保險。
（四）超標準為職工繳存的住房公積金。
（五）以報銷發票形式向職工支付的各種個人收入。
（六）車改、通信補貼。
（七）為職工個人所有的房產支付的暖氣費、物業費。
（八）股票期權收入。實行員工股票期權計劃的，員工在行權時獲得的差價收益，是否按工薪所得繳納個人所得稅。
（九）以非貨幣形式發放的個人收入是否扣繳個人所得稅。
（十）企業為股東個人購買汽車是否扣繳個人所得稅。
（十壹）贈送給其他單位個人的禮品、禮金等是否按規定代扣代繳個人所得稅。
（十二）是否按規定履行全員、全額代扣代繳義務。
四、房產稅
（壹）土地價值是否計入房產價值繳納房產稅。
（二）是否存在與房屋不可分割的附屬設施未計入房產原值繳納房產稅。
（三）未竣工驗收但已實際使用的房產是否繳納房產稅。
（四）無租使用房產是否按規定繳納房產稅。
（五）應予資本化的利息是否計入房產原值繳納房產稅。
五、土地使用稅
土地實際面積與土地使用證存有差異情況下，是否按照土地實際面積繳納土地使用稅。
六、印花稅
（壹）是否混淆合同性質，從低適用稅率或擅自減少計稅依據，未按全部所載金額計稅，將應稅憑證劃為非稅憑證，漏繳印花稅。
（二）是否應納稅憑證書立或領受時不進行貼花，而直到憑證生效日期才貼花，導致延期繳納印花稅。
（三）增加實收資本和資本公積後是否補繳印花稅。