2、研究制訂貨物進出口配額管理制度，編報下達全國貨物進出口配額（包括各種貿易方式）年度計劃並組織實施。
3、負責制訂貨物進出口許可證管理制度，確定貨物進出口許可證管理的品種。
4、負責制訂貨物出口配額招標政策並組織實施。
5、研究制訂並組織實施邊境貿易政策。
6、組織實施以質取勝戰略，加強對進出口商品質量管理的指導，推動“創名牌出口商品”的活動，指導出口廣告宣傳；負責委托有關單位制訂、調整《實施檢驗的進出口商品種類表》，負責發布《實施檢驗的進、出口商品種類表》。
7、研究和推廣各種新的國際貿易方式。
8、負責擬定加工貿易（含來、進料加工貿易，外商投資企業加工貿易）政策並組織實施。
9、研究制訂市場多元化戰略並組織實施，宏觀指導和管理境內對外經濟技術貿易展覽會、洽談會、交易會等貿易促進活動，宏觀管理出國辦展工作，指導廣交會有關工作；協調管理來華經濟技術類展覽。
10、制訂各類企業外貿經營權的資格標準，負責全國各類企業（包括企業集團）外貿經營權的資格審定工作；管理外國、香港、澳門特別行政區常駐商業代表機構的核準業務；國家實行指定公司經營的出口商品企業和重要工業品、農產品進口經營企業的資格審定。
11、研究、分析國際物流業的發展方向和趨勢，制訂我國國際物流發展的政策。研究制訂並完善國際貨運代理行業的政策，制訂國際貨運代理企業資格標準，負責貨運代理企業資格的審定；參與供應香港和澳門特別行政區鮮活冷凍商品“三趟快車”運輸的組織協調；參與政府及國際多邊運輸協定的談判職責，指導外經貿倉儲行業管理。
12、指導全國旅遊產品小額貿易經營權審批工作。
13、聯系進出口商會、貨代協會。
外貿司內設處室及其職能
外貿司內設10個處室。
1、辦公室
負責全司人事、行政、黨務等。
2、綜合處
負責全司綜合和信息工作；起草全司綜合性文件和報告；聯系進出口商會，推進進出口商會的改革工作；負責邊貿進出口管理；會同有關部門履行國際環保公約等。
3、制度處
牽頭組織研究和匯總外貿管理體制改革方案；全司外貿法規綜合，牽頭負責全司的清理法規工作；制訂全國進出口商品許可證制度和目錄；牽頭制訂進出口商品招標政策和邊貿政策；《實施檢驗的進出口商品種類表》的相關工作等。
4、農產品出口處
研究擬定農產品出口發展戰略和政策措施；負責全國農產品出口商品的宏觀管理；負責農產品出口商品配額管理及供港澳商品管理；組織農產品出口招標工作；研究擬定農產品國營貿易制度和出口自動許可制度的實施方案；會同有關部門負責瀕危動植物出口管理工作；參與供應香港和澳門特別行政區鮮活冷凍商品“三趟快車”運輸的組織協調等。
5、工業品出口處
研究擬定工業品（機電產品除外）出口發展戰略和政策措施；負責全國工業品出口宏觀管理；負責工業品出口的配額管理；組織工業品出口招標工作；研究擬定工業品國營貿易制度和出口自動許可制度的實施方案等。
6、紡織品出口處
研究制訂紡織品出口發展戰略和政策措施；負責紡織品出口雙邊談判及協議執行；負責全國紡織品出口宏觀管理，制訂紡織品出口配額管理辦法，指導地方的紡織品配額管理工作；組織紡織品出口招標工作；根據雙邊協議，制訂被動配額出口許可證制度；制訂敏感紡織品出口的經營協調管理辦法等。
7、進口處
負責全國進口商品（機電產品除外）的宏觀管理；研究優化進口商品結構的政策措施；負責進口商品的經營協調管理；會同有關部門負責進口商品配額、登記等管理；研究擬定進口商品國營貿易制度和進口自動許可制度的實施方案等。
8、加工貿易處
負責管理全國加工貿易業務；負責研究制訂加工貿易政策；協調國務院各有關部門制訂的加工貿易相關配套政策；宏觀監控和分析加工貿易發展動態和問題，研究制訂解決措施；規範加工貿易經營秩序，查處加工貿易中的違章行為等。
9、貿易促進和國際物流處
研究制訂市場多元化戰略；組織實施以質取勝戰略；負責出口商品商標工作；宏觀指導和管理境內對外經濟技術貿易展覽會、洽談會及交易會等貿易促進活動，指導廣交會有關工作；研究、制訂我國國際物流發展政策，負責貨運代理相關工作；參與政府及國際多邊運輸協定談判等。
10、貿易秩序處
研究制訂企業外貿經營權改革方案，制訂企業進入和退出標準；參與打擊走私；負責制止低價出口行為工作；負責外貿企業各種違規、違章行為的查處；協調管理境外常駐代表機構的核準；負責易制毒化學品進出口和全國旅遊產品小額貿易相關工作等。