1，概念不同。
商務局:擬訂國內外貿易和國際經濟合作的發展戰略和政策，起草國內外貿易、外商投資、對外援助、外商投資和對外經濟合作的法律法規草案，擬訂部門規章。
對外貿易經濟合作局:即對外貿易經濟合作局，是市政府主管對外貿易、外資和經濟合作的工作部門。
2.責任不同。
商務局:負責中國駐世界貿易組織代表團、對外經濟商務機構和有關國際組織代表機構的隊伍建設、人員選拔和管理；指導進出口商會和相關協會、學會的工作。
對外貿易經濟合作局:負責境外投資企業(機構)設立和變更審核，指導協調境外經貿合作區建設，監督管理對外承包工程、勞務合作、多雙邊援助和對外援助。
3、工作內容不同
商務局:負責編制、下達和組織實施進出口配額計劃，制定和管理進出口商品目錄，確定和發放配額、許可證。
外經貿局:指導全市服務貿易開放，協調全市國際服務貿易發展，做好國際服務外包統計工作。
百度百科-杭州對外貿易經濟合作局
百度百科-中國商務局