特許經營在性質上屬於合同行為，從事特許經營活動是當事人的民事權利，政府不宜對其實行行政審批管制，但需要對其經營活動進行必要的監督管理，以維護市場秩序，保護當事人合法權益。鑒此，《條例》確立了特許人備案制度，要求從事商業特許經營的特許人必須依法備案。
要求特許人備案主要有三個作用：壹是便於商務主管部門及時了解、掌握特許人的有關情況，有針對性地對特許經營活動進行規範、監督；二是有助於潛在的投資者了解特許人的基本情況，作出恰當的投資決策，防止欺詐和不實宣傳；三是有利於形成對特許人的社會監督。
商業特許經營企業在備案中的應註意以下幾個方面的事項：
1、備案登記的主體範圍
《條例》第三條第二款規定：企業以外的其他單位和個人不得作為特許人從事特許經營活動。從這壹規定中可以看出，只有企業可以作為特許經營的特許人主體。根據我國企業登記管理的規定，確認企業身份的唯壹有效證明就是工商行政管理機關頒發的企業營業執照。因此,核驗企業營業執照之真實性成為備案管理之首。
2、備案登記的企業應該符合“兩店壹年”的規定
《條例》第七條第二款規定：“特許人從事特許經營活動應當擁有至少2個直營店，並且經營時間超過1年”。 也就是通常所說的“兩店壹年”要求，主要目的是為了防止壹些企業利用特許經營進行欺詐。同時，直營店具有壹定的示範作用，便於其他經營者從直營店的經營中較為直觀地了解特許人的品牌、經營模式、經營狀況等。
首先，顧名思義，“直營店”應當是指由特許人擁有的店鋪。其中，“擁有”應當不僅僅包括全資擁有，還應包括控股擁有的情況。此外，考慮到現代經濟生活中企業的分工較細，即使是同壹集團內部的不同企業可能也存在著不同的分工---可能有的企業只作為特許人來從事業務，而有的企業負責經營店鋪。因此，如果特許人的關聯企業能夠滿足“兩店壹年”的要求，我們認為就應當視同特許人本身滿足了“兩店壹年”的要求。《條例》和《商業特許經營備案管理辦法》中均未定義 “關聯企業”的含義，但是《商業特許經營信息披露管理辦法》 第三條做了有關規定：“本辦法所稱關聯公司，是指特許人的母公司、特許人直接或間接擁有全部或多數股權的子公司、與特許人直接或間接地由同壹所有人擁有全部或多數股權的公司”。我們認為該定義是可以適用在判斷特許人是否滿足了“兩店壹年”要求的，也就是說，如果是與特許人具備直接或間接控股關系的企業滿足了“兩店壹年”要求，就應認為特許人滿足了該要求。
第二，還應當註意到，直營店的業務應當是與特許業務在相同品牌下運營的相同業務。比如，如果特許人的直營店是從事快餐服務，但其特許業務從事的是衣物幹洗，很顯然，這時特許人的直營店並不能夠證明特許人在特許的業務領域（即，快餐服務）已經建立了成熟的運營模式，這並不符合“兩店壹年”要求的立法本意。因此，直營店鋪運營的業務必須與特許業務相同，方才可以滿足“兩店壹年”的要求。
第三，直營店的品牌也必須是與特許業務的品牌相同的。假設特許人在甲品牌下從事快餐業務、並且擁有在甲品牌下運營的若幹快餐店，但是特許人從未在乙品牌下從事快餐業務。那麽，由於證明某壹具體品牌的運營模式和市場前景是需要時間的，如果特許人擬在乙品牌下從事快餐特許經營業務，特許人在甲品牌下能夠成功地運營快餐業務是不夠的。因為特許人能夠在甲品牌下成功運營快餐業務，並不意味著其在乙品牌下業內也能夠建立成熟的商業模式。因此，從滿足“兩店壹年”要求的角度出發，直營店應當與特許業務是在同壹品牌下運營的。
第四，由設區的市級商務主管部門開具的符合《條例》第七條第二款規定的證明文件；直營店位於境外的，特許人應當提供直營店營業證明（含中文翻譯件），並經當地公證機構公證和中國駐當地使領館認證。在2007年5月1日前已經從事特許經營活動的特許人除外，但應當提交特許人與中國境內的被特許人訂立的第壹份特許經營合同。
另外，《條例》第七條第二款規定的經營1年以上，不僅是指該企業應成立並經營1年以上，而且對其擁有的直營店也要經營1年以上。
3、登錄號的獲取
登錄號是特許人通過網絡申請備案的唯壹身份憑證，特許人在獲取商務部備案系統網站登錄號以後，輸入登錄號及密碼，即可進行備案頁面的備案操作，上傳和修改文件。
通過登錄號的投放和獲取，保證特許人能在自己的空間中接受公眾的監督和備案機關的管理，將不確定的安全因素降低到最低。
領取登錄號只是申請備案前的壹個身份審查過程，正如企業辦理登記以前應該去工商行政管理機關領取登記表格壹樣，屬於備案前的準備工作之壹，不屬於《條例》第九條規定的期限開始之日。正式申請備案時間應從特許人獲得登錄號以後通過網絡提交全部文件資料完成之日起開始計算。
根據《民法通則》第四十三條、第六十三條的規定，備案管理機關在備案系統中規定了三種確認身份的方式，壹是特許人的法定代表人直接辦理；二是特許人委托自然人辦理；三是特許人委托協會、法律機構等中介組織辦理。根據不同的方式，為了確保經辦人的身份，依據司法實踐中的經驗和有關法律規定，提出了不同方式所需要出示的證明文件：
第壹，特許人法定代表人直接辦理的，需攜帶：企業法人營業執照原件復印件、法定代表人身份證件原件復印件、特許人的名稱、聯系人、聯系人的職務、電話、傳真、地址、郵政編碼、電子郵件地址。
如果無法提交營業執照原件的，應該持有經企業所在地工商（商務主管機關、省級以上連鎖協會）在營業執照復印件上加蓋公章的證明文件原件或其他有效證明文件原件（如證明復印件與原件相符的公證書）；
第二，特許人授權其他自然人辦理的，首先應該審查授權是否通過法定的授權程序（包括但不限於公證等形式），從而確認授權委托書的真實性，然後要求受托人攜帶：特許人的營業執照原件復印件、特許人委托經辦人的授權委托書原件、法定代表人身份證件原件復印件、受托人的身份證件原件復印件、特許人的名稱、聯系人、聯系人的職務、電話、傳真、地址、郵政編碼、電子郵件地址。
如果無法提交營業執照原件的，應該持有經企業所在地工商（商務主管機關、省級以上連鎖協會）在營業執照復印件上加蓋公章的證明文件原件或其他有效證明文件原件（如證明復印件與原件相符的公證書）；
第三，特許人授權其他中介組織辦理的，首先應該審查授權是否通過法定的授權程序（包括但不限於公證等形式），從而確認授權委托書的真實性，然後要求中介機構的經辦人攜帶：特許人的營業執照復印件、特許人給中介機構的授權委托書原件、中介機構核驗的企業法人營業執照及其法定代表人身份證件原件、復印件壹致的證明文件的原件、中介機構資質證書原件復印件及其負責人的身份證件原件復印件、特許人的名稱、聯系人，聯系人的職務、電話、傳真、地址、郵政編碼、電子郵件地址。
4、經營資源的填報
特許經營活動是指擁有註冊商標、企業標誌、專利、專有技術等經營資源的企業，以合同形式將其擁有的經營資源許可其他經營者使用，被特許人按照合同約定在統壹的經營模式下開展經營，並向特許人支付特許經營費用的經營活動。因此，企業在備案登記時應填報相關經營資源。
第壹，對受理註冊商標、專利、著作權等通知書等不能單獨認定為特許經營資源，而應結合其他資源壹起填報才符合立法的要求，並且填寫為已受理註冊商標、專利、著作權。也就說僅僅有受理註冊商標、專利、著作權等通知書的特許經營企業不符合備案的要求，不能通過備案。
第二，對於提交的版權機關登記的相關版權，如果為企業標誌類版權登記，應填寫授權內容為“企業標誌”；如果為非企業標誌類版權（經營手冊）的，則填寫授權內容時應選擇“其它”。
第三，在實踐中，許多特許經營企業的經營資源是其他自然人、企業、其他組織授權許可或轉讓的。如果是授權許可使用的，必須填報由權利人授權或經有權國家機關備案的文件，並且該授權或備案應顯示該特許企業具有轉授權給第三人使用的權利。對權利人為國外的其他自然人、企業、其他組織，其授權書應該經當地公證機構公證和中國駐當地使領館認證。如果涉及權利轉讓，必須填報國家有權機關出示的核準轉讓證明。
第四，特許經營企業的經營資源權利證書或其他證明文件註明的權利享有範圍應與特許人的實際經營業務相符合。比如，特許人經營的餐飲，但許可被特許人的註冊商標的保護類別卻是服裝就顯然不相符合。
另外，如特許經營企業的經營資源權利證明由其他國家或地區登記或頒發，應當根據我國關於與該國簽訂的雙邊協議或***同加入的國際公約的相關規定執行。
5、提交PDF文件
根據《辦法》第五條第二款規定，備案文件中的（四）企業法人營業執照復印件或其他主體資格證明的復印件；（五）與特許經營活動相關的商標權、專利權及其它經營資源的註冊證書復印件；（六）由設區的市級商務主管部門開具的符合《條例》第七條第二款規定的證明文件；直營店位於境外的，特許人應當提供直營店營業證明（含中文翻譯件），並經當地公證機構公證和中國駐當地使領館認證；（在2007年5月1日前已經從事特許經營活動的特許人不適用於上款的規定，但應當提交特許人與中國境內的被特許人訂立的第壹份特許經營合同。）（七）特許經營合同樣本；（八）特許經營操作手冊的目錄（須註明每壹章節的頁數和手冊的總頁數，對於在特許系統內部網絡上提供此類手冊的，須提供估計的打印頁數）；（九）國家法律法規規定經批準方可開展特許經營的產品和服務，須提交相關主管部門的批準文件；（十）經法定代表人簽字蓋章的特許人承諾等七項內容，備案系統要求特許人在備案的時候提交的電子文件格式統壹規定為“便攜文件格式”（即PDF文件），系統不接受其它文件格式。因此，這就要求特許人須把提交的文件以掃描或拍照方式輸入計算機並制作成PDF文件。
6、網上備案申報
特許人須登錄“商業特許經營信息管理系統”的企業端登錄頁面：/，在左側“企業登錄”處輸入備案機構發放的用戶名和密碼、驗證碼，密碼有大小寫之分。首次登錄後，系統會強制要求用戶修改密碼。系統會列出在領取號碼時錄入的經辦人信息供用戶核對，並補充輸入“聯系人手機電話號碼”這壹項，點擊保存後系統會自動退出。
退出以後，系統會直接跳轉至登陸頁面，直接輸入備案機關核發的用戶名及上述步驟中設置的新密碼，系統左側立即提示特許人名稱為備案申請人，即特許人企業名稱，同時註明備案機關的名稱是商務部或省自治區直轄市商務行政管理機關，此時顯示的備案企業備案狀態壹般為“未提交”（還有已申報、已備案兩種狀態），同時備案號顯示為空白，待備案通過後即可顯示備案號。
用戶可以看到所有填報的資料，可以點擊“另存為word”把申報表格保存，經核實無誤後，也可以點擊“申報”提交申請，同時在申報後，該備案企業的備案狀態變更為“已申報”。此後，用戶將不能再自行修改申報材料內容。
7、商務主管部門審核公布及備案後的管理
根據《辦法》第十條的規定，備案機關在收到特許人提交的符合本辦法第五條規定的文件、資料之日起10日內予以備案，並在商務部網站予以公告。
上述規定的起始時間以備案機關收到申請備案的特許人網上申報材料之日計算，如果特許人提交的資料不符合規定的要求，備案機關會要求申請備案的特許人在7日以內補充有關資料。需要補充資料的，起始時間從申請備案的特許人補交資料之日起重新計算。
根據《辦法》第十四條的規定，公眾可通過商務部政府網站就以下內容進行查詢：（1）特許人的企業名稱及特許經營業務使用的註冊商標、企業標識、專利、專有技術等經營資源；（2）特許人的備案時間；（3）特許人的法定經營場所地址與聯系方式、法定代表人姓名；（4）中國境內的被特許人營業地址。（目前僅能提供特許人名稱、備案號、法定代表人姓名及備案時間，即便電話咨詢，其他的項目也不予提供）
特許人在完成備案以後，在經營期間，由於各種原因可能會出現原備案資料的變更，因此《辦法》第七條規定了在備案資料發生變更以後30日以內，通過網上備案管理系統的“備案管理”提出變更、修改的申請，備案機關會根據特許人的基本資料以及企業向備案部門提交的變更申請內容，批準或駁回該變更申請，並通過系統發送給申請變更的特許人，如果批準修改，特許人則可以在企業端修改資料。
根據《辦法》第十壹條規定：已完成備案的特許人有下列行為之壹的，備案機關可以撤銷備案，並在商務部網站予以公告：（1）因特許人違法經營，被主管登記機關吊銷營業執照；（2）備案機關收到司法機關因為特許人違法經營而做出的關於撤銷備案的司法建議書；（3）特許人隱瞞有關信息或者提供虛假信息經查證屬實的；（4）特許人自行註銷的。
備案管理機關發現已經通過的備案企業出現上述情況，核實情況後，有權直接撤銷該企業備案，通過特許人預留的電子信箱通知備案特許人，並在撤銷備案企業名錄中予以公布。
上述規定是為了建立完全公開透明的商業告知體系，確保為公眾選擇、了解特許人及其項目開辟暢通的渠道。