1991年
三九企業集團組建，為國資委管理的中央企業。集團 “999”品牌價值為83.06億元。被評為“中國最高認知率商標”。
1993年
三九醫學研究院成立。
三九企業集團核心企業之深圳三九精細化工有限公司（前身為九輝公司）成立，主要生產日用化工產品和汽車護理產品。
1994年
三九集團建成了壹批中藥、合成藥理、藥劑等實驗室。
1995年
在三九集團著名品牌的原則下，三九精細化工全面進軍日化市場，實施統壹商標、統壹品牌、統壹管理的品牌資源系統的整合。
1996年
三九集團提出把制藥產業以生產中成藥為主轉到發展生物工程、以生產高科技產品為主。
1997年
999衣領凈 ，“幻影”殺蟲水、蚊香片，999空氣清新劑等誕生。美源坊洗滌用品首次在全國上市。
1998年
美源坊999殺蟲系列、衛生系列、家具護理系列產品暢銷全國市場。
1999年
深圳美源坊日用化工有限公司（港資）註冊成立。由三九集團九輝商貿與香港輝騰國際聯合投資500萬元創立。輝騰國際是壹家擁有雄厚化妝品開發技術的法資公司，技術參股妮維雅、LAFA、卡尼爾等多個國際化妝品品牌。
美源坊公司實施多品牌戰略，形成美源坊、清芬、幻影等5個品牌系列，初步奠定了在中國日化市場的品牌地位。
2000年
榮獲14屆廣州國際美容美發化妝品博覽會“產品最佳形象設計獎”。
美源坊借助母公司的制藥核心力，三九醫學研究院與法國FRANVAL公司合
作，進口意、法、日先進的生產技術和實驗設備，專註於中藥型草本植物在現代醫學中的應用，形成了擁有自己知識產權的工藝技術和產品配方，揭開了中藥護膚美容的新篇章。
美源坊品牌標誌：中間是隸書的品牌字，代表古老的中方文化。上方是兩片“攜手”的樹葉組成的像“火焰”，亦是“露珠”圖案。寓意公司高舉純自然屬性的大旗，並永恒堅持。999是母公司的標誌。FRANVAL是法國合作公司的名，MERRYFULL是三九醫學研究院的名稱。法國FRANVAL CAC獲FFOR頒發的天然產品許可證標誌。法國FRANVAL.CAC獲國際有機種植協會的認證。
2001年
美源坊通過了ISO9001-2000國際質量認證。
美源坊羊胎素（Ⅰ代）抗皺系列化妝品上市，至今暢銷不衰，被譽為“中國抗皺美白第1品牌”。
2002年
榮獲17屆廣州國際美容美發化妝品博覽會“美容科技產品領先獎”。
著名影視歌三棲明星瞿穎、演員劉濤等先後代言美源坊，開啟美源坊明星代言輝煌之路。
2003 年
美源坊洗滌、化妝品廣告強勢登陸CCTV1、CCTV8、廣東衛視等各大媒體，營銷額首超8000萬，成為國內化妝品領域的領跑者。
美源坊銷售網絡遍布全國。20%的外銷產品成功進入西亞、東南亞和歐洲市場。
2004年
三九美源坊連鎖機構成立，第壹家品牌形象連鎖店在鵬城面世。
2005年
成立深圳市美源坊生物科技有限公司，引進法國技術，提升研發能力。
美源坊推出活泉補水系列、本草護膚系列、秀谷洗滌系列產品。
2006年
榮獲深圳市美容化妝品業商會授予的“誠信化妝品企業”稱號。
美源坊羊胎素（Ⅰ代）廣告繼續強勢登陸CCTV8、廣東衛視等媒體，產品風行全國市場。
2007年
美源坊授權河南美源坊代理商開發美源坊精品日化連鎖店項目，目前已發展到50余家日化連鎖專賣店。
2008年
美源坊美白防曬套裝、美白冰霜防曬霜系列震撼上市。
“秀谷”藏紅花水面膜系列、焗油膏、潔面乳系列全國上市。
2009年
美源坊與日本SOPHINA化妝品公司合作，***同研發的 “伸浪”男士護膚系列、精油護膚品系列、兒童護膚系列全國上市。
2010年
美源坊推出“管家兔”男女內褲洗滌健康產品。
美源坊完美擁有羊胎素護膚系列、時尚精油護膚系列、男士護膚清潔系列、兒童護膚清潔系列、沐浴洗滌系列、洗發護發系列、家居用品系列等8大系列300余款產品。旗下擁有美源坊、MERRLFUL、秀谷（Showgood）、伸浪、管家兔、三九美源坊、my1st、幻影、清芬（PHRIS）等9大知名品牌。
美源坊成長國內集研發、生產、銷售、OEM/ODM為壹體的實力雄厚的現代化的化妝品企業。
2011年
美源坊榮獲中國消費者最信賴的“最具市場潛力”十佳化妝品品牌。
美源坊打造“專屬栽培基地、國際領先技術、高尚制造產業鏈”，和澳洲澳琳達公司合作，研發、生產、銷售被譽為“中國抗皺美白第1品牌”——美源坊羊胎素（Ⅱ代）護膚系列。
美源坊與湖南老爹公司合作，采用國家發明專利的獼猴桃果王素，研發、生產、銷售“中國祛黃養白第1品牌”——美源坊果王素護膚系列產品。
美源坊與江蘇衛視“靚妝”、湖南衛視“快樂購物”全面攜手，跨界合作，實施美源坊新國貨、新形象、新潮流工程。
2012年
三九美源坊南通生物科技有限公司正式成立