藥房加盟流程大致分為7步：
1、適當提升農村藥店人員配備標準，明確規定農村鄉鎮以下地區的藥品零售企業應當配備1名以上藥師職稱以上的藥學技術人員和其他藥學技術人員。
2、提升中藥飲片經營企業人員配備的要求，要求具備至少1名執業中藥師或1名中藥師，原有規定未對此提出要求。
3、經營處方藥、甲類非處方藥的藥品零售企業要求同時配備1名執業藥師和2名藥師以上職稱的藥學技術人員，較原有標準對藥師的數量要求有較大提高。
4、對企業負責人任職條件提出了較高的要求，要求具備大學專科學歷或藥學相關專業技術職稱。
5、從進壹步優化藥店布局、方便群眾購藥出發，規定非公***商業設施內的地下室及二層以上建築內不得開辦藥店，在大型商業中心等人群密集場所內零售連鎖藥店開辦不受距離限制。
6、從提高對藥品零售企業的監管效率和提高藥品追溯能力的要求出發，本次修訂強化了企業實行信息化管理的規定，明確要求藥品零售企業應該建立計算機信息管理系統，對經營管理全過程及質量控制進行信息化管理，具備接受藥品監督管理部門電子監管和追溯監管的條件。
7、從相關藥品零售市場結構的要求出發，在準入標準上提出了壹系列鼓勵藥品零售企業連鎖化經營的措施，壹方面降低了對連鎖企業門店數量的要求，另壹方面針對連鎖企業***享物流、質量管理等資源的特點，減少了零售連鎖門店的面積要求，放寬了連鎖門店布局的距離限制，同壹連鎖企業門店間可以不受距離限制。
加盟藥店時要註意：
加盟商必須擁有壹套完整的、思路清晰的加盟體系，從裝修選址到日常經營、商品供貨等，都要給加盟者具體的指導和支持。此外，加盟後，依靠特許商批量采購的優勢，能否促使門店藥品價格下降，增加利潤空間，都是加盟者要考慮的問題。那些只是提供藥店品牌就收取加盟費的特許商，最好不要選擇。