1，不同原因
商標被駁回是因為申請註冊的商標不符合“在先申請或註冊”原則，違反了禁止性規定，商標局駁回了商標註冊申請。因申請人提交的商標申請文件不齊全或者不符合有關規定，商標申請不予受理。
2、審查對象不同。
商標被駁回是因為不符合核準註冊的條件，所以審查的對象只能是商標本身。商標申請不受理主要是因為申請材料有問題，只屬於形式審查階段，審查的對象也只是商標申請文件和商標表格。
3.下發的文件不壹樣。商標局收到商標註冊申請後，主要發出三種通知:受理通知、補正通知和駁回通知。如果商標被駁回，商標局會發出《商標駁回通知書》。
4.由於退款政策不同，繳納相關費用是商標受理流程的最後壹個環節。如果商標被駁回，申請費將不予退還。但申請手續不全、未按要求填寫申請文件的，未收取受理的商標註冊費。也就是說，正常情況下不被受理的商標註冊申請並沒有被扣除。