1、由國家工商局商標局來認定：根據《馳名商標認定和保護規定》第四條第壹款規定：“當事人認為他人經初步審定並公告的商標違反商標法第十三條規定的，可以依據商標法及其實施條例的規定向商標局提出異議，並提交證明其商標馳名的有關材料。”《馳名商標認定和保護規定》第五條規定：“在商標管理工作中，當事人認為他人使用的商標屬於商標法第十三條規定的情形，請求保護其馳名商標的，可以向案件發生地的市(地、州)以上工商行政管理部門提出禁止使用的書面請求，並提交證明其商標馳名的有關材料。同時，抄報其所在地省級工商行政管理部門。”即如果通過商標異議案件來申請認定馳名商標，或者是在商標管理過程中申請馳名商標，應當由國家工商局商標局來認定。
2、國家工商局商標評審委員會來認定：《馳名商標認定和保護規定》第四條第二款規定：“當事人認為他人已經註冊的商標違反商標法第十三條規定的，可以依據商標法及其實施條例的規定向商標評審委員會請求裁定撤銷該註冊商標，並提交證明其商標馳名的有關材料。”也就是說，如果通過商標爭議案件來申請馳名商標，應當向國家工商局商標評審委員會提出申請。
3、向法院申請：除了通過商標異議和商標爭議兩種方式申請的外，其他都可以向法院提出申請認定馳名商標，並且壹般只有中級以上的法院才可以認定。