直接向歐盟知識產權局申請可分為網上申請和紙質申請。網上申請費用更少，只需要用壹種語言。歐盟知識產權局也有快速的申請渠道，可以加快歐盟知識產權局的審查進程，盡快開放註冊申請。
2.商標審查
歐盟知識產權局收到申請後會進行審查，發現問題會通知申請人在2個月內補正。如果未能在規定時間內補正，歐盟知識產權局將全部或部分駁回該申請或權利要求。
不服歐盟知識產權局決定者，可向歐盟知識產權局內部的上訴委員會提出上訴；不服上訴委員會決定者，可向歐盟普通法院上訴，歐盟普通法院的判決也可向歐盟司法法院上訴。
但歐盟知識產權局在審查商標註冊申請時，並不主動審查是否存在在先權利，在先權利人可以通過異議、無效宣告請求等程序維權。
3.公開申請和異議
如果歐盟知識產權局的審查沒有問題，註冊申請將在《歐盟商標公報》上公布。
任何人認為申請註冊的商標損害了他的在先權利，可以在申請公開1個月後的3個月內提出異議，歐盟知識產權局將組織雙方的程序並最終做出決定。如果不服歐洲知識產權局的最終決定，可以按照上述步驟進行上訴。任何人認為申請註冊的商標不符合商標註冊的要求，都可以向歐盟知識產權局提出意見，歐盟知識產權局將通知申請人並予以考慮。
4.註冊和宣傳
在規定時間內未提出異議或意見，或者異議或意見不成立的，歐盟知識產權局將予以註冊，在《歐盟商標公報》上公布，並頒發電子註冊證書。
歐盟商標必須在註冊後5年內投入使用，否則任何人都可以申請註銷註冊而不使用。任何人也可以向歐盟知識產權局申請撤銷或宣布註冊商標無效。不服歐盟知識產權局終裁的，也可以按照上述步驟進行上訴。轉讓或者許可他人使用歐盟註冊商標的，應當向歐洲知識產權局備案。