1. J. Zhang, G.Harbottle,C.Wang.& Z.Kong，Oldest playable musical instruments found at Jiahu early Neolithic site in China. NATURE, 23 September 1999:366--368*
2. Wang Xiangkun，Sun Chuanqing, Cai Hongwei, & Zhang Juzhong , Origin of the Chinese cultivated rice (Oryza sativa L.)Chinese Science Bulletin，1999,44(4):295-304；
3. J. Zhang, & X. Wang, Notes on the recent discovery of ancient cultivated rice at Jiahu , Henan Province: a new theory concerning the origin of Oryza japonica in China ANTIQUITY Volume 72 Number 278: December 1998:897--901。
4． Li, X., Harbottle, G., Zhang, J. & Wang, C. The earliest writing? Sign use in the seventh millennium BC at Jiahu, Henan Province, China. Antiquity, 77, 31 - 44, (2003).
5． ZhangJuzhon、Xiao Xinghua，Music in the 7th Millenium B.C.:The Natural and Social Background of the Origin of the Jiahu Bone-Flutes,Central China，Orient-Archäologie Band 10,Studien zur Musikarchäologie Ⅲ,2002,P147-153
6． ZhangJuzhon、Xiao Xinghua、Lee Runkuan ，The early development of music. Analysis of the Jiahu bone flutes , Volume78 Number 302， Antiquity ,
7． Patrick E. McGovern, Juzhong Zhang, Jigen Tang, Zhiqing Zhang, Gretchen R. Hall, Robert A. Moreau?, Alberto Nuñez?, Eric D. Butrym, Michael P. Richards, Chen-shan Wang, Guangsheng Cheng, Zhijun Zhao, and Changsui Wang, Fermented Beverages of Pre- and Proto-historic China, December 21, PNAS
8． ZhangJuzhon、Lee Runkuan ，The Magic Flutes ， Natural History 9/05
9． 河南省文物考古研究所，張居中等編著,《舞陽賈湖》,文字180萬, 其中插圖367幅、另有彩版48幅,圖版224幅。科學出版社, 1999年2月出版。
10． 張居中等，《試論賈湖先民的生存環境》,環境考古論集（第二輯），科學出版社，2000年。
11． 張居中，八千年前的書法藝術——河南賈湖原始文字的發現與研究,中國書法,2001年第1期。
12． 張居中等，試論刻劃符號與文字起源——從舞陽賈湖契刻原始文字談起,中國書法,2001年第2期。
13． 張居中,八千年前の書法蕓術●賈湖出土の原始文字,書のフオ 壹ラム,2001.5月號。
14． 張居中等，河南賈湖稻作農業及其文化和生態背景研究，國家自然科學基金資助項目優秀成果選編（三），上海科技出版社，2001年。
15． 張居中,關於中國古代文明起源問題的理性思考，中原文物，2002年第1期。
16． 俞偉超、張居中等，以原始農業為基礎的中華文明傳統的出現，農業考古，2001年第3期。
17． 蕭興華、張居中等，七千年前的骨管定音器----河南省汝洲市中山寨十孔骨笛測音研究,音樂研究,2001年第2期。
18． 張居中等，河南舞陽賈湖遺址2001年春發掘簡報 華夏考古 ， 2002年第2期。
19. 張居中等，河南賈湖稻作文化的發現與研究 科學 ， 2002年第3期。
20．張居中、王象坤、孔昭宸，要重視黃淮地區新石器時代稻粟混作農業與環境演變關系的研究，中國高等科學技術中心“原始農業對中華文明形成的影響”專題討論會, 北京，2001年3月15-17日。
21．王象坤、孫傳清、張居中，栽培稻起源研究中三個主要理論問題，中國高等科學技術中心“原始農業對中華文明形成的影響”專題討論會,北京2001年3月15-17日。
22．蕭興華、張居中、王昌遂，原始農業造就出來的音樂文明，中國高等科學技術中心“原始農業對中華文明形成的影響”專題討論會,北京，2001年3月15-17日。
23．張居中，全新世大暖期中的降溫事件對中國古文化的影響，中國第三屆環境考古大會 ， 山東濟南，2002年9月16日。
24．張居中，考古學的深入發展需要分子人類學的合作，特邀報告 2002現代人類學國際研討會,中國上海,2002年4月17—19日。
25．楊玉璋、張居中、李廣寧等，安徽繁昌發現北宋前期龍窯遺址，中國文物報，2002年12月4日第壹版。
26．楊玉璋、張居中等，《所校聯手，繁昌驚現北宋瓷窯風貌》，《中國文物報》，2003年4月11日。
27. 張居中,淮河上遊八千年前的輝煌，光明日報，2000.4.28.第C4版
28. 邱平、王昌遂、張居中,賈湖遺址出土古陶產地的初步研究，東南文化，2000年11期
29.孔昭宸、劉長江、 張居中，植物遺存的科學史意義，徐嵩齡等編，文化遺產的保護與經營，社會科學文獻出版社，2003，
30.張居中、楊曉勇 趙誌軍 王明輝 李容全 王象坤，要重視對中原地區新石器時代人類生存模式與環境變化關系的研究，河南省文物考古研究所編，華夏文明的形成與發展，大象出版社，2003 。
31．孔昭宸、劉長江、 張居中、 靳桂雲，中國考古遺址植物遺存及其對原始農業起源傳播的探討，中原文物,2003,第2期。
32. 張居中，《淮河上遊新石器時代的絢麗畫卷》,《東南文化》1999年第2期。
33. 張居中,炎黃時代的科技成就初論，尋根，1999.3
34. 孔昭宸、 劉長江、張居中，澠池班村植物遺存及其在環境考古學上的意義，人類學學報18（4）1999.11
35．馬簫林、陳星燦、張居中等，河南靈寶鑄鼎塬及其周圍考古調查報告，華夏考古1999年第3期。
36．陳星燦、張居中等，河南靈寶市北陽平遺址調查，考古，1999年第3期。
37. 陳德珍、張居中，賈湖遺址人類的體質特征及與其他地區新石器時代人和現代人的比較研究，人類學學報，1998，3。
38．張居中,賈湖刻劃符號的發現與漢字的起源，2003.12.5中國文物報·學術版
39. 張居中等，淮河流域史前稻作農業與文明進程的關系，東方考古第1集，科學出版社，2004年12月。另：中國社會科學院古代文明研究中心通訊，2004年第7期。
40. 張居中, 略論淮河流域新石器時代文化，鄭州大學學報38卷2期（2005）
41. 張居中，新速度、新收獲、新啟示——喜讀《跨湖橋》中國文物報2005年8月3日第四版
42．尹若春、張居中，淮河中遊地區稻作農業考古調查報告，農業考古2004第三期
43．楊玉璋、張居中，景德鎮窯與蘩昌窯青白瓷比較研究，2004.10，中國古陶瓷研究第十輯
44. 張居中等，淮河中遊地區稻作農業考古調查報告，農業考古，2004年第3期。
45. 任啟坤、張居中，安徽史前稻作農業考古的回顧與展望，農業考古，2005第2期
46．張居中、尹若春等《淮河中遊地區稻作農業考古調查報告》，《農業考古》，2004年第3期。
47. 張居中、任啟坤、翁屹、藍萬裏等，賈湖遺址墓葬腹土古寄生物研究，中原文物，2002年3期。
48. 張居中、任啟坤，寄生物考古學簡論，廣西民族學院學報，2006年第1期。
49. 楊玉璋、張居中等，《安徽繁昌柯家沖瓷窯遺址發掘簡報》，《考古》，2006年第4期。
50. 楊玉璋、張居中，《繁昌窯瓷器胎料配方工藝初步研究》，《考古與文物》，2006年第2期。
51． 楊玉璋、張居中，《試論安徽繁昌窯—2002年柯家沖窯址發掘的主要收獲》，《華夏考古》，2006年第2期。 目前招收碩士研究生和博士研究生，主要培養方向為：考古學與博物館學、科技考古、史前科技史。
所開課程：本科生課程：考古學概論（60學時）。
研究生課程：考古學通論（80學時）；田野考古學（60學時）。
博士生課程：考古學與科技史交叉研究（40學時）。 目前主要研究方向有：
1）新石器時代考古；
2）環境考古；
3）農業考古；
4）史前人類生存模式與人地關系研究；
5）漢字起源研究；
6）音樂起源的研究；
7）陶瓷考古；
8）考古學與科技史相結合的方法論探討。 綜合研究的專著《舞陽賈湖》壹書， 2001年在中國文物報組織的20世紀最佳文博圖書評選活動中被評為最佳考古報告。2002年被評為河南省社會科學優秀成果二等獎，還被中國第四紀科學研究會環境考古專業委員會評為第三屆全國環境考古學大會優秀專著獎。2005年被中國社會科學院評為夏鼐考古學研究成果三等獎。Notes on the recent discovery of ancient cultivated rice at Jiahu , Henan Province: a new theory concerning the origin of Oryza japonica in China壹文2001年被評為河南省自然科學優秀論文二等獎。
20世紀80年代，我國考古人員發掘河南舞陽縣賈湖村遺址時，在距今約9000年的陶器碎片上，發現了壹些沈澱物。由於技術水平限制，中方於1999年底將部分樣本提供給美方進行化驗，希望弄清沈澱物是不是壹種古酒。主持賈湖遺址發掘的中國科技大學考古系教授張居中也向舞陽縣建議，註意對賈湖古酒的保護，可申請專利等，但沒有引起足夠重視。2004年12月，《美國國家科學院學報》發表了由張居中和美國賓夕法尼亞大學考古化學家帕特裏克·麥克戈文合作研究的結果，認為這是由中國人首創的世界最古老的酒飲料。
不久，麥克戈文與“角鯊頭”釀酒廠進行合作，該酒廠依據這壹研究成果，成功分析配制出了包括大米、蜂蜜、葡萄等在內的酒配方，復制出類似9000年前釀造的古酒。該酒廠把這壹中國古老的酒精飲料取名“Chateaujiahu（賈湖城）”，並準備在2007年7月推廣上市。
早在1年前，在得知美國學者沒有告知中方、征求中方同意的情況下而將研究成果轉讓給美國酒廠壹事後，張居中教授便提出了異議，並與麥克戈文進行了緊急溝通：“該配方是中美***同研究的成果，中美雙方至少應該***享對配方支配的權益。”
張居中教授告訴記者，1999年，麥克戈文通過中科大的老師，主動來中國找他，表示願意壹起合作研究。當時賈湖遺址項目非常大，古酒配方的研究只是其中壹小部分，就同意麥克戈文參與。其間，中國方面向麥克戈文提供了發掘出土的9000年前的陶片，雙方曾經保持著愉快的合作。
“樣本是我方提供的，也歸我方擁有，研究成果的主權我們並沒有出讓。嚴格說，麥克戈文只能算是參與研究而已。”張居中在與麥克戈文的交涉函中指出：麥克戈文無權不經中方同意，將該成果轉讓給第三方以謀取商業利益，這壹做法很不妥當。
在收到張居中的交涉函後，麥克戈文在答復中強調了三點：第壹，他與“角鯊頭”釀酒廠的合作，主要是致力於復原古代中國酒精飲料，目的不是要制造壹種商業性的飲料，而是為了進壹步探尋古代釀造技藝；第二，希望最終可從該古酒的銷售中，獲得資金支持其進壹步研究；第三，因為研究成果現已公開發表，沒有辦法去阻止其他的酒業制造者，把這壹信息作商業用途。
國內壹些知名律師認為：對於已經公開發表出來的論文，作者享有著作權和版權，如果沒有協議約定，那麽任何人都可以利用這壹信息進行商業活動。雖然從民族情感上說，好像什麽東西被人拿走了。但美方對中方合作者的告知，沒有法律義務只有道德義務，美國釀酒廠的舉動也不構成侵權。
“賈湖城”品牌風波中展現出國內在知識產權保護意識方面的薄弱。但是，美國酒廠怎麽可以利用中國的考古標本和這項研究成果，用於商業釀酒呢？
美方解釋，送來的考古標本屬於人類***同的文化遺產，復原中國古酒是為了試驗和還原古代的飲料制造技術。研究成果已經向公眾發表，公眾有權這樣做。世界其他地方的釀酒商也有權利這樣做。盡管舞陽方面感到難以理解，但人家在美國註冊的商標、申請的專利，產品又在美國銷售，也無法幹涉。美國人從賈湖遺址幾點古酒殘渣中，發掘出配方，仿制出口味酷似新石器時代的佳釀，反應之靈敏，行動之迅速，既令人嘆服，也值得反思。