企業店鋪和旗艦店有以下幾種區別：
壹、性質的區別
企業店鋪是指通過支付寶商家認證，並以工商營業執照開設的店鋪，是以公司名義建立的淘寶店，也就是常說的“淘寶集市店”。旗艦店是國家商標總局頒發的商標註冊證或商標受理通知書（轉讓中的商標不可以）的自有品牌入駐商城，所開設的店鋪稱為“品牌旗艦店”。
二、首頁上標識的區別
企業店鋪天貓和淘寶都可以開，在前臺展示上，有定制的店鋪套頭，會展示企業店鋪的標識。旗艦店只在天貓有，標識直接為xxx旗艦店，淘寶是不允許開旗艦店的。
三、產品的區別
旗艦店的經營範圍必須是同壹品牌、不同類目下的所有產品，而企業店鋪可以經營不同品牌的多種類目產品。
擴展資料：
淘寶和天貓大的店鋪分類：
天貓系：旗艦店、專營店。
淘寶系：淘寶個人C店、企業店鋪。
總的來說，旗艦店肯定要比企業店鋪更放心。因為能開旗艦店的都是相關品牌的總代或者品牌所屬方，至少可以保證買的是正品。
而企業店鋪，只要有工商局註冊，都可以開，其實大多數是個人開的小公司。或者個體經營者。資質要求並不高。並不能保證妳壹定可以買到正品。
當然，除了淘寶企業店鋪和旗艦店區別，還可以看看旗艦店與專賣店及淘寶C店之間的區別，更加詳細了解不同店鋪的狀況：
旗艦店是要自己的品牌，壹般都是廠家;專賣店是只能賣壹個品牌，可以是代理，專營店就像賣場壹樣，什麽牌子都行。
旗艦店：品牌的持有者/持有公司自己開的商城店。
專賣店：品牌的壹級授權商/代理商/分銷商，只能經營壹個品牌。
專營店：同時可以經營多個品牌，所經營品牌可以自有，也可以由品牌商授權或品牌授權商授權。
旗艦店、專賣店、專營店比較：旗艦店是官方開的，最有保障。專賣店跟實體的專賣店差不多，最放心。專營店是專門經營某壹種類的，比如服飾專營店，那麽他可以經營多個品牌的服飾，但種類只能是服飾，這種店容易賣假貨。
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